Collate Results Make Summary Benchmark Figures

Author: Bora Uyar

Date: 2024-07-13

ccle_vs_gdsc

Crizotinib

prefix	target	batch	event	time	tool	gnn_conv	fusion	data_types	finetuning_samples	mse	pearson_corr	r2
analysis19	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	intermediate	rna,cnv	100	0.002603	0.323330	0.104542
analysis31	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna	100	0.002848	0.320798	0.102911
analysis39	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	SVM	NaN	early	rna	0	0.007576	0.317446	0.100772
analysis22	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna	0	0.002695	0.312208	0.097474
analysis23	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna	100	0.002563	0.302520	0.091518
analysis10	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna	0	0.002930	0.288678	0.083335
analysis32	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna,cnv	0	0.002969	0.287557	0.082689
analysis3	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	cnv	100	0.002653	0.283277	0.080246
analysis4	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna	0	0.002935	0.262335	0.068820
analysis28	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	cnv	0	0.003278	0.257036	0.066067
analysis18	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	intermediate	rna,cnv	0	0.002708	0.251051	0.063027
analysis16	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna	0	0.003355	0.247859	0.061434
analysis38	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	SVM	NaN	early	cnv	0	0.005663	0.240863	0.058015
analysis20	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	cnv	0	0.002770	0.229181	0.052524
analysis35	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	RandomForest	NaN	early	cnv	0	0.002860	0.228643	0.052278
analysis37	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	SVM	NaN	early	rna,cnv	0	0.007464	0.215514	0.046446
analysis21	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	cnv	100	0.003068	0.211420	0.044698
analysis27	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	intermediate	rna,cnv	100	0.002508	0.209408	0.043852
analysis29	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	cnv	100	0.002716	0.204387	0.041774
analysis9	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	cnv	100	0.002425	0.199827	0.039931
analysis6	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna,cnv	0	0.002821	0.196405	0.038575
analysis36	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	RandomForest	NaN	early	rna	0	0.003369	0.192410	0.037022
analysis30	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna	0	0.004591	0.174755	0.030539
analysis5	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna	100	0.002706	0.174701	0.030520
analysis24	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna,cnv	0	0.004611	0.173362	0.030055
analysis8	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	cnv	0	0.002765	0.172089	0.029615
analysis34	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	RandomForest	NaN	early	rna,cnv	0	0.003026	0.171280	0.029337
analysis11	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna	100	0.003432	0.155502	0.024181
analysis26	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	intermediate	rna,cnv	0	0.003537	0.147770	0.021836
analysis7	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna,cnv	100	0.004539	0.127085	0.016151
analysis17	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna	100	0.003217	0.121259	0.014704
analysis14	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	cnv	0	0.002713	0.110917	0.012303
analysis33	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna,cnv	100	0.002957	0.098824	0.009766
analysis13	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna,cnv	100	0.002939	0.088759	0.007878
analysis15	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	cnv	100	0.002967	0.087926	0.007731
analysis25	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna,cnv	100	0.002877	0.080533	0.006486
analysis0	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna,cnv	0	0.003274	0.041766	0.001744
analysis12	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna,cnv	0	0.002651	0.019626	0.000385
analysis1	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna,cnv	100	0.002860	0.016122	0.000260
analysis2	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	cnv	0	0.002848	-0.005357	0.000029

Erlotinib

prefix	target	batch	event	time	tool	gnn_conv	fusion	data_types	finetuning_samples	mse	pearson_corr	r2
analysis58	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	intermediate	rna,cnv	0	0.004345	0.422453	0.178466
analysis62	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna	0	0.005404	0.404039	0.163247
analysis50	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna	0	0.005903	0.393562	0.154891
analysis71	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna	100	0.004219	0.377539	0.142536
analysis74	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	RandomForest	NaN	early	rna,cnv	0	0.003621	0.373279	0.139337
analysis70	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna	0	0.005727	0.371272	0.137843
analysis76	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	RandomForest	NaN	early	rna	0	0.003735	0.368875	0.136069
analysis46	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna,cnv	0	0.004448	0.358153	0.128274
analysis41	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna,cnv	100	0.003984	0.351165	0.123317
analysis72	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna,cnv	0	0.004900	0.350864	0.123106
analysis47	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna,cnv	100	0.003909	0.349196	0.121938
analysis63	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna	100	0.004539	0.344885	0.118946
analysis79	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	SVM	NaN	early	rna	0	0.004325	0.343234	0.117809
analysis44	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna	0	0.004948	0.341817	0.116839
analysis59	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	intermediate	rna,cnv	100	0.003799	0.333575	0.111272
analysis64	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna,cnv	0	0.004833	0.332690	0.110682
analysis56	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna	0	0.004870	0.315599	0.099603
analysis52	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna,cnv	0	0.004383	0.313963	0.098573
analysis73	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna,cnv	100	0.004177	0.307996	0.094861
analysis66	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	intermediate	rna,cnv	0	0.005261	0.300345	0.090207
analysis45	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna	100	0.004316	0.295044	0.087051
analysis65	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna,cnv	100	0.004562	0.271011	0.073447
analysis51	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna	100	0.004728	0.259027	0.067095
analysis53	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna,cnv	100	0.004058	0.248140	0.061573
analysis40	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna,cnv	0	0.004858	0.242808	0.058956
analysis57	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna	100	0.004855	0.229045	0.052461
analysis67	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	intermediate	rna,cnv	100	0.005241	0.224866	0.050565
analysis77	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	SVM	NaN	early	rna,cnv	0	0.004537	0.221988	0.049279
analysis78	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	SVM	NaN	early	cnv	0	0.005271	0.188125	0.035391
analysis68	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	cnv	0	0.005303	0.172958	0.029915
analysis43	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	cnv	100	0.005178	0.153111	0.023443
analysis55	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	cnv	100	0.005880	0.150466	0.022640
analysis48	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	cnv	0	0.004809	0.139440	0.019444
analysis69	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	cnv	100	0.007361	0.136583	0.018655
analysis60	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	cnv	0	0.005212	0.132288	0.017500
analysis49	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	cnv	100	0.005060	0.131175	0.017207
analysis54	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	cnv	0	0.005846	0.099973	0.009995
analysis61	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	cnv	100	0.004958	0.098888	0.009779
analysis42	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	cnv	0	0.005861	0.087533	0.007662
analysis75	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	RandomForest	NaN	early	cnv	0	0.005291	0.072834	0.005305

Irinotecan

prefix	target	batch	event	time	tool	gnn_conv	fusion	data_types	finetuning_samples	mse	pearson_corr	r2
analysis119	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	SVM	NaN	early	rna	0	0.095182	0.580645	0.337149
analysis91	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna	100	0.007665	0.569721	0.324582
analysis87	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna,cnv	100	0.008195	0.564564	0.318733
analysis117	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	SVM	NaN	early	rna,cnv	0	0.092114	0.562946	0.316908
analysis106	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	intermediate	rna,cnv	0	0.083888	0.561389	0.315158
analysis107	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	intermediate	rna,cnv	100	0.008377	0.556780	0.310004
analysis114	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	RandomForest	NaN	early	rna,cnv	0	0.092170	0.554103	0.307031
analysis116	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	RandomForest	NaN	early	rna	0	0.092484	0.553556	0.306424
analysis81	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna,cnv	100	0.007992	0.553520	0.306385
analysis103	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna	100	0.008862	0.546111	0.298237
analysis113	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna,cnv	100	0.008822	0.541655	0.293390
analysis96	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna	0	0.078338	0.540579	0.292226
analysis110	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna	0	0.076229	0.538438	0.289916
analysis102	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna	0	0.107417	0.529055	0.279899
analysis111	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna	100	0.008665	0.517072	0.267364
analysis84	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna	0	0.087398	0.488147	0.238287
analysis90	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna	0	0.057839	0.487940	0.238085
analysis92	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna,cnv	0	0.086745	0.486468	0.236651
analysis86	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna,cnv	0	0.086336	0.486332	0.236519
analysis105	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna,cnv	100	0.009687	0.477566	0.228069
analysis85	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna	100	0.009159	0.468226	0.219236
analysis112	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna,cnv	0	0.087796	0.462298	0.213720
analysis97	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna	100	0.010848	0.457465	0.209274
analysis93	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna,cnv	100	0.009720	0.446110	0.199014
analysis80	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna,cnv	0	0.073266	0.431608	0.186285
analysis99	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	intermediate	rna,cnv	100	0.017994	0.408957	0.167246
analysis98	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	intermediate	rna,cnv	0	0.077522	0.403153	0.162532
analysis104	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna,cnv	0	0.132056	0.341778	0.116812
analysis82	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	cnv	0	0.087651	0.197743	0.039102
analysis95	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	cnv	100	0.014179	0.183644	0.033725
analysis118	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	SVM	NaN	early	cnv	0	0.079447	0.168766	0.028482
analysis83	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	cnv	100	0.012207	0.166912	0.027860
analysis115	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	RandomForest	NaN	early	cnv	0	0.081075	0.161089	0.025950
analysis109	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	cnv	100	0.014187	0.158900	0.025249
analysis89	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	cnv	100	0.013210	0.143028	0.020457
analysis94	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	cnv	0	0.089986	0.119040	0.014170
analysis100	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	cnv	0	0.085133	0.075104	0.005641
analysis88	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	cnv	0	0.089587	0.037753	0.001425
analysis108	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	cnv	0	0.088552	-0.005139	0.000026
analysis101	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	cnv	100	0.012095	-0.012842	0.000165

Lapatinib

prefix	target	batch	event	time	tool	gnn_conv	fusion	data_types	finetuning_samples	mse	pearson_corr	r2
analysis130	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna	0	0.007954	0.594879	0.353882
analysis142	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna	0	0.009099	0.551932	0.304629
analysis150	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna	0	0.011286	0.549656	0.302122
analysis138	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	intermediate	rna,cnv	0	0.006911	0.547711	0.299987
analysis143	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna	100	0.005915	0.538518	0.290002
analysis137	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna	100	0.007426	0.527204	0.277944
analysis120	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna,cnv	0	0.008874	0.524836	0.275452
analysis154	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	RandomForest	NaN	early	rna,cnv	0	0.006498	0.512464	0.262619
analysis156	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	RandomForest	NaN	early	rna	0	0.007004	0.509468	0.259558
analysis159	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	SVM	NaN	early	rna	0	0.007899	0.506039	0.256076
analysis152	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna,cnv	0	0.007257	0.502005	0.252009
analysis131	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna	100	0.006840	0.495166	0.245190
analysis125	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna	100	0.007126	0.494090	0.244125
analysis139	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	intermediate	rna,cnv	100	0.006904	0.493194	0.243241
analysis153	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna,cnv	100	0.007042	0.470290	0.221172
analysis124	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna	0	0.008751	0.462193	0.213623
analysis127	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna,cnv	100	0.007211	0.458198	0.209945
analysis144	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna,cnv	0	0.008172	0.458183	0.209932
analysis151	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna	100	0.008071	0.455002	0.207027
analysis121	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna,cnv	100	0.007344	0.452267	0.204545
analysis147	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	intermediate	rna,cnv	100	0.010414	0.449411	0.201971
analysis126	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna,cnv	0	0.008117	0.429742	0.184678
analysis146	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	intermediate	rna,cnv	0	0.007772	0.421107	0.177331
analysis132	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna,cnv	0	0.008487	0.413783	0.171217
analysis136	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna	0	0.008718	0.409360	0.167576
analysis157	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	SVM	NaN	early	rna,cnv	0	0.006984	0.400885	0.160709
analysis133	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna,cnv	100	0.009738	0.380962	0.145132
analysis145	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna,cnv	100	0.007759	0.342011	0.116972
analysis149	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	cnv	100	0.010308	0.215904	0.046614
analysis155	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	RandomForest	NaN	early	cnv	0	0.009208	0.171885	0.029544
analysis140	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	cnv	0	0.009839	0.138943	0.019305
analysis158	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	SVM	NaN	early	cnv	0	0.008962	0.138488	0.019179
analysis148	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	cnv	0	0.011843	0.134456	0.018078
analysis122	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	cnv	0	0.010947	0.129565	0.016787
analysis128	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	cnv	0	0.009520	0.126516	0.016006
analysis123	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	cnv	100	0.009654	0.103320	0.010675
analysis134	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	cnv	0	0.009575	0.102757	0.010559
analysis141	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	cnv	100	0.011005	0.083650	0.006997
analysis135	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	cnv	100	0.010495	0.054598	0.002981
analysis129	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	cnv	100	0.009822	0.031357	0.000983

Paclitaxel

prefix	target	batch	event	time	tool	gnn_conv	fusion	data_types	finetuning_samples	mse	pearson_corr	r2
analysis199	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	SVM	NaN	early	rna	0	0.395775	0.383058	0.146733
analysis190	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna	0	0.387506	0.354127	0.125406
analysis197	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	SVM	NaN	early	rna,cnv	0	0.441688	0.347558	0.120797
analysis176	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna	0	0.296717	0.320671	0.102830
analysis164	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna	0	0.344112	0.319803	0.102274
analysis192	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna,cnv	0	0.349122	0.307542	0.094582
analysis178	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	intermediate	rna,cnv	0	0.473438	0.305173	0.093130
analysis170	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna	0	0.282684	0.297703	0.088627
analysis182	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna	0	0.389546	0.297336	0.088409
analysis194	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	RandomForest	NaN	early	rna,cnv	0	0.381159	0.292048	0.085292
analysis196	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	RandomForest	NaN	early	rna	0	0.392300	0.287695	0.082768
analysis160	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna,cnv	0	0.308970	0.279545	0.078146
analysis167	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna,cnv	100	0.046887	0.271543	0.073736
analysis177	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna	100	0.397159	0.270151	0.072981
analysis165	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna	100	0.334613	0.265299	0.070384
analysis186	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	intermediate	rna,cnv	0	0.218549	0.260136	0.067671
analysis184	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna,cnv	0	0.379473	0.255259	0.065157
analysis183	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna	100	0.002901	0.227834	0.051908
analysis173	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna,cnv	100	0.339953	0.192652	0.037115
analysis172	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna,cnv	0	0.428075	0.192021	0.036872
analysis195	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	RandomForest	NaN	early	cnv	0	0.409077	0.156817	0.024592
analysis193	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna,cnv	100	0.002775	0.155853	0.024290
analysis166	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna,cnv	0	0.374652	0.155333	0.024128
analysis161	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna,cnv	100	0.002862	0.144629	0.020918
analysis198	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	SVM	NaN	early	cnv	0	0.427354	0.139100	0.019349
analysis191	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna	100	0.005637	0.124103	0.015402
analysis181	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	cnv	100	0.362066	0.113886	0.012970
analysis163	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	cnv	100	0.395676	0.108119	0.011690
analysis185	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna,cnv	100	0.004320	0.094716	0.008971
analysis180	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	cnv	0	0.350820	0.083223	0.006926
analysis187	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	intermediate	rna,cnv	100	0.107423	0.076507	0.005853
analysis169	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	cnv	100	0.004624	0.074942	0.005616
analysis171	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna	100	0.284341	0.074674	0.005576
analysis162	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	cnv	0	0.373950	0.054177	0.002935
analysis174	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	cnv	0	0.388330	0.050209	0.002521
analysis188	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	cnv	0	0.365732	0.042527	0.001809
analysis168	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	cnv	0	0.385344	0.040594	0.001648
analysis189	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	cnv	100	0.003992	0.035465	0.001258
analysis175	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	cnv	100	0.177931	0.032832	0.001078
analysis179	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	intermediate	rna,cnv	100	0.177830	-0.036247	0.001314

Palbociclib

prefix	target	batch	event	time	tool	gnn_conv	fusion	data_types	finetuning_samples	mse	pearson_corr	r2
analysis225	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna,cnv	100	0.005744	0.466426	0.217553
analysis230	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna	0	0.006257	0.451253	0.203629
analysis222	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna	0	0.009035	0.443978	0.197117
analysis213	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna,cnv	100	0.007807	0.405417	0.164363
analysis226	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	intermediate	rna,cnv	0	0.006374	0.403000	0.162409
analysis239	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	SVM	NaN	early	rna	0	0.006185	0.399949	0.159959
analysis201	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna,cnv	100	0.007156	0.393469	0.154818
analysis234	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	RandomForest	NaN	early	rna,cnv	0	0.006786	0.390952	0.152843
analysis236	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	RandomForest	NaN	early	rna	0	0.006554	0.381774	0.145752
analysis210	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna	0	0.009537	0.377843	0.142765
analysis227	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	intermediate	rna,cnv	100	0.007480	0.375924	0.141319
analysis231	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna	100	0.006449	0.370954	0.137607
analysis206	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna,cnv	0	0.010471	0.362736	0.131577
analysis219	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	intermediate	rna,cnv	100	0.006090	0.361729	0.130848
analysis204	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna	0	0.007321	0.361689	0.130819
analysis216	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna	0	0.006810	0.358478	0.128507
analysis237	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	SVM	NaN	early	rna,cnv	0	0.006263	0.349683	0.122278
analysis212	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna,cnv	0	0.006568	0.341038	0.116307
analysis232	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna,cnv	0	0.009234	0.323998	0.104975
analysis223	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna	100	0.006671	0.319846	0.102301
analysis218	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	intermediate	rna,cnv	0	0.009985	0.306003	0.093638
analysis211	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna	100	0.005594	0.298998	0.089400
analysis207	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna,cnv	100	0.006524	0.295455	0.087294
analysis205	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna	100	0.007058	0.294738	0.086871
analysis233	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna,cnv	100	0.007654	0.287744	0.082796
analysis224	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna,cnv	0	0.007829	0.285385	0.081444
analysis200	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna,cnv	0	0.008038	0.284514	0.080948
analysis229	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	cnv	100	0.009006	0.246106	0.060568
analysis215	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	cnv	100	0.007497	0.245430	0.060236
analysis209	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	cnv	100	0.009283	0.235612	0.055513
analysis217	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna	100	0.007527	0.220697	0.048707
analysis235	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	RandomForest	NaN	early	cnv	0	0.007955	0.203981	0.041608
analysis203	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	cnv	100	0.008339	0.198597	0.039441
analysis221	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	cnv	100	0.007299	0.198274	0.039312
analysis202	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	cnv	0	0.007944	0.193227	0.037337
analysis214	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	cnv	0	0.007902	0.175437	0.030778
analysis228	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	cnv	0	0.008787	0.157696	0.024868
analysis220	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	cnv	0	0.008191	0.118497	0.014042
analysis208	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	cnv	0	0.009604	0.117852	0.013889
analysis238	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	SVM	NaN	early	cnv	0	0.007288	0.010622	0.000113

Selumetinib

prefix	target	batch	event	time	tool	gnn_conv	fusion	data_types	finetuning_samples	mse	pearson_corr	r2
analysis245	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna	100	0.011440	0.644690	0.415625
analysis263	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna	100	0.010316	0.640624	0.410399
analysis279	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	SVM	NaN	early	rna	0	0.014871	0.636525	0.405165
analysis251	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna	100	0.010519	0.626452	0.392442
analysis259	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	intermediate	rna,cnv	100	0.009849	0.619652	0.383969
analysis257	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna	100	0.009982	0.618781	0.382890
analysis277	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	SVM	NaN	early	rna,cnv	0	0.014619	0.608703	0.370519
analysis262	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna	0	0.011084	0.596274	0.355543
analysis258	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	intermediate	rna,cnv	0	0.012559	0.584723	0.341901
analysis276	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	RandomForest	NaN	early	rna	0	0.015822	0.583566	0.340549
analysis266	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	intermediate	rna,cnv	0	0.012211	0.578535	0.334703
analysis241	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna,cnv	100	0.010791	0.577305	0.333281
analysis250	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna	0	0.011576	0.567186	0.321700
analysis274	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	RandomForest	NaN	early	rna,cnv	0	0.015861	0.566493	0.320915
analysis270	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna	0	0.012530	0.564908	0.319121
analysis244	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna	0	0.014008	0.563753	0.317818
analysis256	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna	0	0.012576	0.559847	0.313429
analysis240	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna,cnv	0	0.010675	0.557285	0.310567
analysis271	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna	100	0.012524	0.542917	0.294758
analysis272	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna,cnv	0	0.012699	0.533961	0.285114
analysis265	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna,cnv	100	0.013783	0.532281	0.283323
analysis247	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna,cnv	100	0.011265	0.501066	0.251067
analysis264	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna,cnv	0	0.012628	0.500875	0.250876
analysis246	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna,cnv	0	0.011992	0.491791	0.241858
analysis253	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna,cnv	100	0.017050	0.483021	0.233310
analysis267	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	intermediate	rna,cnv	100	0.012625	0.465080	0.216299
analysis252	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna,cnv	0	0.017171	0.447653	0.200393
analysis273	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna,cnv	100	0.013146	0.387134	0.149873
analysis275	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	RandomForest	NaN	early	cnv	0	0.021573	0.100524	0.010105
analysis260	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	cnv	0	0.024622	0.093247	0.008695
analysis278	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	SVM	NaN	early	cnv	0	0.018699	0.067431	0.004547
analysis248	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	cnv	0	0.027020	0.060375	0.003645
analysis268	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	cnv	0	0.029565	0.046451	0.002158
analysis243	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	cnv	100	0.018900	0.043974	0.001934
analysis254	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	cnv	0	0.019276	0.036743	0.001350
analysis242	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	cnv	0	0.023892	0.036561	0.001337
analysis269	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	cnv	100	0.024006	0.031606	0.000999
analysis255	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	cnv	100	0.020788	0.021407	0.000458
analysis261	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	cnv	100	0.019780	0.021122	0.000446
analysis249	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	cnv	100	0.021223	-0.012639	0.000160

Sorafenib

prefix	target	batch	event	time	tool	gnn_conv	fusion	data_types	finetuning_samples	mse	pearson_corr	r2
analysis319	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	SVM	NaN	early	rna	0	0.006592	0.528442	0.279251
analysis303	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna	100	0.006159	0.491922	0.241987
analysis317	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	SVM	NaN	early	rna,cnv	0	0.005509	0.479943	0.230346
analysis290	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna	0	0.008729	0.471048	0.221886
analysis286	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna,cnv	0	0.007139	0.463788	0.215099
analysis299	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	intermediate	rna,cnv	100	0.005648	0.457350	0.209169
analysis297	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna	100	0.005630	0.449390	0.201952
analysis293	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna,cnv	100	0.005198	0.438188	0.192008
analysis285	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna	100	0.007089	0.416406	0.173394
analysis298	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	intermediate	rna,cnv	0	0.007426	0.413838	0.171261
analysis304	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna,cnv	0	0.006933	0.413018	0.170584
analysis316	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	RandomForest	NaN	early	rna	0	0.008285	0.407351	0.165935
analysis313	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna,cnv	100	0.005798	0.395681	0.156564
analysis284	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna	0	0.010238	0.381715	0.145707
analysis314	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	RandomForest	NaN	early	rna,cnv	0	0.006594	0.371096	0.137712
analysis280	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna,cnv	0	0.007556	0.365065	0.133273
analysis292	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna,cnv	0	0.009877	0.364931	0.133175
analysis281	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna,cnv	100	0.004723	0.360483	0.129948
analysis305	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna,cnv	100	0.005513	0.355593	0.126446
analysis287	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna,cnv	100	0.006215	0.344931	0.118977
analysis307	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	intermediate	rna,cnv	100	0.005790	0.336474	0.113215
analysis306	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	intermediate	rna,cnv	0	0.007060	0.315034	0.099247
analysis302	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna	0	0.008984	0.300333	0.090200
analysis296	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna	0	0.011754	0.293638	0.086223
analysis311	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna	100	0.007343	0.288235	0.083079
analysis291	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna	100	0.006755	0.279095	0.077894
analysis283	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	cnv	100	0.007559	0.170090	0.028931
analysis310	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna	0	0.011260	0.168232	0.028302
analysis300	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	cnv	0	0.010079	0.166540	0.027736
analysis312	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna,cnv	0	0.007964	0.162019	0.026250
analysis301	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	cnv	100	0.007261	0.124772	0.015568
analysis295	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	cnv	100	0.007579	0.115463	0.013332
analysis309	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	cnv	100	0.008687	0.113646	0.012915
analysis282	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	cnv	0	0.010413	0.109176	0.011919
analysis318	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	SVM	NaN	early	cnv	0	0.007540	0.051291	0.002631
analysis294	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	cnv	0	0.011218	0.050608	0.002561
analysis289	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	cnv	100	0.008668	0.032474	0.001055
analysis288	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	cnv	0	0.011693	0.028637	0.000820
analysis315	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	RandomForest	NaN	early	cnv	0	0.010606	0.015219	0.000232
analysis308	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	cnv	0	0.012040	-0.027133	0.000736

lgg_gbm

OS_STATUS

prefix	target	batch	event	time	tool	gnn_conv	fusion	data_types	finetuning_samples	cindex
analysis331	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	GNN	SAGE	early	cna	100	0.822679
analysis345	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	DirectPred	NaN	intermediate	mut,cna	100	0.786856
analysis330	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	GNN	SAGE	early	cna	0	0.782541
analysis350	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	supervised_vae	NaN	early	cna	0	0.781505
analysis324	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	GNN	GC	early	cna	0	0.776842
analysis343	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	DirectPred	NaN	early	cna	100	0.776280
analysis336	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	GNN	GCN	early	cna	0	0.774641
analysis325	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	GNN	GC	early	cna	100	0.773777
analysis342	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	DirectPred	NaN	early	cna	0	0.767388
analysis332	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	GNN	GCN	early	mut,cna	0	0.762079
analysis338	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	DirectPred	NaN	early	mut,cna	0	0.761426
analysis356	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	RandomSurvivalForest	NaN	early	cna	0	0.760523
analysis337	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	GNN	GCN	early	cna	100	0.755424
analysis333	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	GNN	GCN	early	mut,cna	100	0.754505
analysis327	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	GNN	SAGE	early	mut,cna	100	0.753339
analysis351	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	supervised_vae	NaN	early	cna	100	0.753185
analysis354	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	RandomSurvivalForest	NaN	early	mut,cna	0	0.748368
analysis355	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	RandomSurvivalForest	NaN	early	mut	0	0.737660
analysis352	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	supervised_vae	NaN	intermediate	mut,cna	0	0.737268
analysis329	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	GNN	SAGE	early	mut	100	0.733910
analysis339	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	DirectPred	NaN	early	mut,cna	100	0.732966
analysis322	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	GNN	GC	early	mut	0	0.723622
analysis320	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	GNN	GC	early	mut,cna	0	0.721468
analysis353	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	supervised_vae	NaN	intermediate	mut,cna	100	0.720446
analysis344	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	DirectPred	NaN	intermediate	mut,cna	0	0.720031
analysis334	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	GNN	GCN	early	mut	0	0.717159
analysis321	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	GNN	GC	early	mut,cna	100	0.713781
analysis347	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	supervised_vae	NaN	early	mut,cna	100	0.713325
analysis349	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	supervised_vae	NaN	early	mut	100	0.709960
analysis326	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	GNN	SAGE	early	mut,cna	0	0.707234
analysis323	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	GNN	GC	early	mut	100	0.687132
analysis346	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	supervised_vae	NaN	early	mut,cna	0	0.673413
analysis328	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	GNN	SAGE	early	mut	0	0.660486
analysis341	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	DirectPred	NaN	early	mut	100	0.659727
analysis340	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	DirectPred	NaN	early	mut	0	0.616610
analysis348	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	supervised_vae	NaN	early	mut	0	0.591147
analysis335	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	GNN	GCN	early	mut	100	0.590280

metabric

CHEMOTHERAPY

prefix	target	batch	event	time	tool	gnn_conv	fusion	data_types	finetuning_samples	balanced_acc	f1_score	kappa
analysis381	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	intermediate	gex,cna	0	0.737642	0.739011	0.478032
analysis398	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	MultiTripletNetwork	NaN	intermediate	gex,cna	100	0.736111	0.736111	0.472222
analysis382	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	intermediate	gex,cna	100	0.721502	0.724607	0.449275
analysis377	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	gex	0	0.705977	0.713673	0.427807
analysis391	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	MultiTripletNetwork	NaN	early	gex,cna	0	0.694482	0.707478	0.416503
analysis375	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	gex,cna	0	0.705346	0.705937	0.411877
analysis389	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	intermediate	gex,cna	0	0.704189	0.704189	0.408378
analysis364	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	gex,cna	100	0.674690	0.696825	0.400779
analysis393	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	MultiTripletNetwork	NaN	early	gex	0	0.676368	0.697057	0.399417
analysis365	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	gex	0	0.684874	0.698661	0.399345
analysis392	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	MultiTripletNetwork	NaN	early	gex,cna	100	0.686813	0.698673	0.398922
analysis385	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	gex	0	0.688230	0.694147	0.388646
analysis363	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	gex,cna	0	0.676635	0.691891	0.386614
analysis397	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	MultiTripletNetwork	NaN	intermediate	gex,cna	0	0.659461	0.686331	0.385400
analysis378	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	gex	100	0.681244	0.689014	0.378759
analysis357	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	gex,cna	0	0.660581	0.684119	0.377612
analysis394	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	MultiTripletNetwork	NaN	early	gex	100	0.662844	0.684681	0.377605
analysis369	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	gex,cna	0	0.670288	0.684425	0.371553
analysis371	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	gex	0	0.662069	0.681174	0.368223
analysis383	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	gex,cna	0	0.683990	0.681875	0.363797
analysis372	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	gex	100	0.648538	0.671418	0.354186
analysis360	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	gex	100	0.653856	0.673170	0.354012
analysis359	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	gex	0	0.658023	0.673058	0.349964
analysis384	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	gex,cna	100	0.676348	0.671909	0.344038
analysis399	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	RandomForest	NaN	early	gex,cna	0	0.643295	0.664582	0.340414
analysis403	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	SVM	NaN	early	gex	0	0.637011	0.660066	0.336343
analysis366	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	gex	100	0.643482	0.658681	0.323286
analysis390	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	intermediate	gex,cna	100	0.658525	0.660037	0.320116
analysis358	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	gex,cna	100	0.642578	0.657050	0.319173
analysis400	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	RandomForest	NaN	early	gex	0	0.623816	0.641703	0.296684
analysis386	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	gex	100	0.626111	0.642387	0.293566
analysis402	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	SVM	NaN	early	gex,cna	0	0.609916	0.627082	0.276211
analysis376	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	gex,cna	100	0.630354	0.637153	0.275647
analysis370	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	gex,cna	100	0.604293	0.621793	0.269500
analysis374	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	cna	100	0.580002	0.588842	0.208772
analysis368	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	cna	100	0.577583	0.587330	0.201097
analysis361	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	cna	0	0.570228	0.571803	0.193230
analysis396	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	MultiTripletNetwork	NaN	early	cna	100	0.574306	0.582340	0.179455
analysis379	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	cna	0	0.574074	0.580752	0.172439
analysis387	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	cna	0	0.567764	0.573307	0.162090
analysis388	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	cna	100	0.555787	0.547259	0.160680
analysis401	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	RandomForest	NaN	early	cna	0	0.557497	0.556550	0.151605
analysis395	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	MultiTripletNetwork	NaN	early	cna	0	0.558617	0.559822	0.150010
analysis362	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	cna	100	0.552152	0.539561	0.145907
analysis373	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	cna	0	0.545475	0.530538	0.130274
analysis367	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	cna	0	0.551113	0.550327	0.129849
analysis380	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	cna	100	0.529744	0.524126	0.073936
analysis404	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	SVM	NaN	early	cna	0	0.515532	0.474775	0.046405

CLAUDIN_SUBTYPE

prefix	target	batch	event	time	tool	gnn_conv	fusion	data_types	finetuning_samples	balanced_acc	f1_score	kappa
analysis451	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	SVM	NaN	early	gex	0	0.629240	0.639177	0.725896
analysis426	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	gex	100	0.636735	0.634735	0.722022
analysis412	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	gex,cna	100	0.634546	0.633897	0.712793
analysis414	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	gex	100	0.606663	0.619678	0.705759
analysis448	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	RandomForest	NaN	early	gex	0	0.597225	0.608340	0.702769
analysis447	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	RandomForest	NaN	early	gex,cna	0	0.584806	0.597201	0.699024
analysis405	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	gex,cna	0	0.602126	0.612149	0.694858
analysis408	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	gex	100	0.626880	0.626957	0.693219
analysis420	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	gex	100	0.618727	0.625264	0.686689
analysis439	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	MultiTripletNetwork	NaN	early	gex,cna	0	0.584742	0.593021	0.686469
analysis429	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	intermediate	gex,cna	0	0.601070	0.608059	0.684982
analysis450	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	SVM	NaN	early	gex,cna	0	0.589718	0.593345	0.684935
analysis433	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	gex	0	0.600541	0.607972	0.683109
analysis417	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	gex,cna	0	0.596840	0.603782	0.682627
analysis419	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	gex	0	0.605511	0.616318	0.682108
analysis407	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	gex	0	0.582293	0.595279	0.680226
analysis418	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	gex,cna	100	0.597985	0.598854	0.675189
analysis406	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	gex,cna	100	0.591036	0.601591	0.672731
analysis411	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	gex,cna	0	0.584431	0.590345	0.669562
analysis423	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	gex,cna	0	0.602308	0.602628	0.664906
analysis413	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	gex	0	0.572971	0.585306	0.662719
analysis425	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	gex	0	0.602326	0.604376	0.659786
analysis434	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	gex	100	0.670129	0.678909	0.658962
analysis430	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	intermediate	gex,cna	100	0.561143	0.578664	0.656758
analysis445	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	MultiTripletNetwork	NaN	intermediate	gex,cna	0	0.562119	0.577201	0.655255
analysis441	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	MultiTripletNetwork	NaN	early	gex	0	0.570311	0.574899	0.652587
analysis431	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	gex,cna	0	0.575805	0.579460	0.648756
analysis446	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	MultiTripletNetwork	NaN	intermediate	gex,cna	100	0.549170	0.562660	0.643122
analysis438	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	intermediate	gex,cna	100	0.552002	0.559836	0.631819
analysis437	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	intermediate	gex,cna	0	0.559924	0.561663	0.627583
analysis442	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	MultiTripletNetwork	NaN	early	gex	100	0.546626	0.561525	0.618607
analysis440	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	MultiTripletNetwork	NaN	early	gex,cna	100	0.561040	0.572994	0.615670
analysis432	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	gex,cna	100	0.569617	0.561988	0.614549
analysis424	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	gex,cna	100	0.562707	0.561322	0.602865
analysis428	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	cna	100	0.353659	0.317826	0.315394
analysis449	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	RandomForest	NaN	early	cna	0	0.332364	0.323931	0.310938
analysis443	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	MultiTripletNetwork	NaN	early	cna	0	0.328865	0.311740	0.306417
analysis452	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	SVM	NaN	early	cna	0	0.328263	0.309295	0.305003
analysis415	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	cna	0	0.312327	0.291554	0.290503
analysis444	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	MultiTripletNetwork	NaN	early	cna	100	0.309952	0.294079	0.287951
analysis435	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	cna	0	0.318020	0.301500	0.285588
analysis416	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	cna	100	0.303670	0.290218	0.280619
analysis436	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	cna	100	0.308845	0.286329	0.275511
analysis421	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	cna	0	0.286437	0.275318	0.258139
analysis427	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	cna	0	0.284270	0.261021	0.242456
analysis422	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	cna	100	0.310770	0.271739	0.229102
analysis409	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	cna	0	0.262715	0.228138	0.218141
analysis410	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	cna	100	0.305225	0.275740	0.209504

singlecell_bonemarrow

celltype_l1

prefix	target	batch	event	time	tool	gnn_conv	fusion	data_types	finetuning_samples	balanced_acc	f1_score	kappa
analysis473	celltype_l1	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	RNA	0	0.974101	0.978820	0.981467
analysis469	celltype_l1	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	RNA	0	0.969103	0.977919	0.981139
analysis475	celltype_l1	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	RNA	0	0.969688	0.977853	0.980542
analysis476	celltype_l1	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	RNA	100	0.968758	0.975051	0.978681
analysis468	celltype_l1	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	RNA	100	0.965814	0.974754	0.977702
analysis477	celltype_l1	NaN	NaN	NaN	MultiTripletNetwork	NaN	early	RNA	0	0.961782	0.974517	0.976898
analysis480	celltype_l1	NaN	NaN	NaN	SVM	NaN	early	RNA	0	0.969836	0.972636	0.976696
analysis472	celltype_l1	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	RNA	100	0.963920	0.973239	0.976498
analysis471	celltype_l1	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	RNA	0	0.963842	0.973254	0.976340
analysis467	celltype_l1	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	RNA	0	0.962150	0.971247	0.973634
analysis478	celltype_l1	NaN	NaN	NaN	MultiTripletNetwork	NaN	early	RNA	100	0.962400	0.970573	0.972762
analysis474	celltype_l1	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	RNA	100	0.957610	0.970712	0.971837
analysis470	celltype_l1	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	RNA	100	0.951816	0.965887	0.970925
analysis479	celltype_l1	NaN	NaN	NaN	RandomForest	NaN	early	RNA	0	0.942096	0.956594	0.962769

celltype_l2

prefix	target	batch	event	time	tool	gnn_conv	fusion	data_types	finetuning_samples	balanced_acc	f1_score	kappa
analysis466	celltype_l2	NaN	NaN	NaN	SVM	NaN	early	RNA	0	0.602192	0.628343	0.743501
analysis457	celltype_l2	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	RNA	0	0.646503	0.658266	0.738229
analysis455	celltype_l2	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	RNA	0	0.631027	0.652776	0.733365
analysis456	celltype_l2	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	RNA	100	0.633778	0.654665	0.732613
analysis463	celltype_l2	NaN	NaN	NaN	MultiTripletNetwork	NaN	early	RNA	0	0.619030	0.650409	0.731889
analysis459	celltype_l2	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	RNA	0	0.639099	0.646186	0.729803
analysis453	celltype_l2	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	RNA	0	0.621065	0.645594	0.721689
analysis460	celltype_l2	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	RNA	100	0.631107	0.644318	0.721494
analysis454	celltype_l2	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	RNA	100	0.607495	0.626794	0.717498
analysis461	celltype_l2	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	RNA	0	0.557028	0.582589	0.707838
analysis465	celltype_l2	NaN	NaN	NaN	RandomForest	NaN	early	RNA	0	0.550749	0.581940	0.701782
analysis462	celltype_l2	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	RNA	100	0.569926	0.598384	0.701169
analysis458	celltype_l2	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	RNA	100	0.586581	0.600431	0.665695