Collate Results Make Summary Benchmark Figures

Author: Bora Uyar

Date: 2025-06-15

ccle_vs_gdsc

Crizotinib

prefix	target	batch	event	time	tool	gnn_conv	fusion	data_types	finetuning_samples	mse	pearson_corr	r2
analysis12	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna,cnv	0	0.002698	0.364912	0.133161
analysis3	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna,cnv	100	0.002805	0.330527	0.109248
analysis2	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna,cnv	0	0.003127	0.283876	0.080586
analysis0	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna,cnv	0	0.002497	0.269247	0.072494
analysis15	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	SVM	NaN	early	rna,cnv	0	0.007464	0.215514	0.046446
analysis16	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	XGBoost	NaN	early	rna,cnv	0	0.002456	0.214664	0.046081
analysis6	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	intermediate	rna,cnv	0	0.003717	0.210637	0.044368
analysis11	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	intermediate	rna,cnv	100	0.002701	0.201822	0.040732
analysis10	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	intermediate	rna,cnv	0	0.003395	0.197575	0.039036
analysis1	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna,cnv	100	0.002787	0.181569	0.032967
analysis13	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna,cnv	100	0.003866	0.156226	0.024407
analysis14	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	RandomForest	NaN	early	rna,cnv	0	0.003089	0.149602	0.022381
analysis9	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna,cnv	100	0.002885	0.086325	0.007452
analysis5	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna,cnv	100	0.003708	0.085198	0.007259
analysis7	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	intermediate	rna,cnv	100	0.002777	0.082134	0.006746
analysis4	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna,cnv	0	0.003007	0.075157	0.005649
analysis8	Crizotinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna,cnv	0	0.003478	0.061406	0.003771

Erlotinib

prefix	target	batch	event	time	tool	gnn_conv	fusion	data_types	finetuning_samples	mse	pearson_corr	r2
analysis25	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna,cnv	0	0.003985	0.423034	0.178958
analysis23	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	intermediate	rna,cnv	0	0.005355	0.398889	0.159113
analysis24	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	intermediate	rna,cnv	100	0.003659	0.388447	0.150891
analysis30	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna,cnv	100	0.003914	0.375226	0.140794
analysis31	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	RandomForest	NaN	early	rna,cnv	0	0.003713	0.369610	0.136612
analysis17	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna,cnv	0	0.004624	0.361246	0.130499
analysis26	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna,cnv	100	0.003961	0.342016	0.116975
analysis33	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	XGBoost	NaN	early	rna,cnv	0	0.003706	0.338323	0.114463
analysis27	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	intermediate	rna,cnv	0	0.004983	0.324513	0.105309
analysis20	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna,cnv	100	0.004251	0.299337	0.089603
analysis19	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna,cnv	0	0.004040	0.295247	0.087171
analysis18	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna,cnv	100	0.003944	0.271258	0.073581
analysis29	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna,cnv	0	0.006606	0.264275	0.069841
analysis21	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna,cnv	0	0.004150	0.251507	0.063256
analysis28	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	intermediate	rna,cnv	100	0.004784	0.244823	0.059938
analysis32	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	SVM	NaN	early	rna,cnv	0	0.004537	0.221988	0.049279
analysis22	Erlotinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna,cnv	100	0.004201	0.175345	0.030746

Irinotecan

prefix	target	batch	event	time	tool	gnn_conv	fusion	data_types	finetuning_samples	mse	pearson_corr	r2
analysis49	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	SVM	NaN	early	rna,cnv	0	0.092114	0.562946	0.316908
analysis48	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	RandomForest	NaN	early	rna,cnv	0	0.089445	0.550367	0.302904
analysis36	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna,cnv	0	0.129081	0.529550	0.280423
analysis44	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	intermediate	rna,cnv	0	0.086054	0.489155	0.239272
analysis37	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna,cnv	100	0.010105	0.489025	0.239145
analysis50	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	XGBoost	NaN	early	rna,cnv	0	0.103193	0.488453	0.238586
analysis41	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	intermediate	rna,cnv	100	0.015197	0.446313	0.199196
analysis38	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna,cnv	0	0.105108	0.441997	0.195361
analysis39	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna,cnv	100	0.009941	0.434796	0.189048
analysis40	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	intermediate	rna,cnv	0	0.122510	0.428608	0.183705
analysis42	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna,cnv	0	0.099338	0.427814	0.183024
analysis35	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna,cnv	100	0.076268	0.403777	0.163036
analysis45	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	intermediate	rna,cnv	100	0.010787	0.400677	0.160542
analysis34	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna,cnv	0	0.102803	0.387475	0.150137
analysis46	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna,cnv	0	0.097226	0.382942	0.146645
analysis47	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna,cnv	100	0.012386	0.350935	0.123155
analysis43	Irinotecan	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna,cnv	100	0.012744	0.350675	0.122973

Lapatinib

prefix	target	batch	event	time	tool	gnn_conv	fusion	data_types	finetuning_samples	mse	pearson_corr	r2
analysis57	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	intermediate	rna,cnv	0	0.007573	0.580832	0.337366
analysis58	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	intermediate	rna,cnv	100	0.005986	0.548255	0.300583
analysis54	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna,cnv	100	0.006578	0.539257	0.290798
analysis60	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna,cnv	100	0.006046	0.523100	0.273633
analysis65	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	RandomForest	NaN	early	rna,cnv	0	0.006564	0.514999	0.265224
analysis67	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	XGBoost	NaN	early	rna,cnv	0	0.007172	0.495085	0.245109
analysis51	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna,cnv	0	0.007912	0.491787	0.241854
analysis62	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	intermediate	rna,cnv	100	0.006493	0.477265	0.227782
analysis55	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna,cnv	0	0.007601	0.463100	0.214462
analysis53	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna,cnv	0	0.008107	0.456593	0.208477
analysis59	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna,cnv	0	0.007317	0.416721	0.173656
analysis63	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna,cnv	0	0.009097	0.416524	0.173492
analysis61	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	intermediate	rna,cnv	0	0.013723	0.401578	0.161265
analysis66	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	SVM	NaN	early	rna,cnv	0	0.006984	0.400885	0.160709
analysis56	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna,cnv	100	0.007218	0.400877	0.160702
analysis64	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna,cnv	100	0.009769	0.313058	0.098005
analysis52	Lapatinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna,cnv	100	0.007628	0.289397	0.083751

Paclitaxel

prefix	target	batch	event	time	tool	gnn_conv	fusion	data_types	finetuning_samples	mse	pearson_corr	r2
analysis83	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	SVM	NaN	early	rna,cnv	0	0.441688	0.347558	0.120797
analysis78	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	intermediate	rna,cnv	0	0.265979	0.337175	0.113687
analysis77	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna,cnv	100	0.370263	0.326728	0.106751
analysis74	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	intermediate	rna,cnv	0	0.414550	0.316474	0.100156
analysis68	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna,cnv	0	0.383098	0.295108	0.087089
analysis80	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna,cnv	0	0.290270	0.293696	0.086257
analysis82	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	RandomForest	NaN	early	rna,cnv	0	0.370163	0.287786	0.082821
analysis71	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna,cnv	100	0.378836	0.268805	0.072256
analysis84	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	XGBoost	NaN	early	rna,cnv	0	0.389973	0.250457	0.062728
analysis72	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna,cnv	0	0.472322	0.241974	0.058551
analysis81	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna,cnv	100	0.004474	0.240712	0.057942
analysis76	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna,cnv	0	0.403828	0.237958	0.056624
analysis75	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	intermediate	rna,cnv	100	0.218786	0.217592	0.047346
analysis73	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna,cnv	100	0.451971	0.215049	0.046246
analysis70	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna,cnv	0	0.431384	0.193583	0.037474
analysis79	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	intermediate	rna,cnv	100	0.002784	0.138997	0.019320
analysis69	Paclitaxel	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna,cnv	100	0.011912	0.057332	0.003287

Palbociclib

prefix	target	batch	event	time	tool	gnn_conv	fusion	data_types	finetuning_samples	mse	pearson_corr	r2
analysis99	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	RandomForest	NaN	early	rna,cnv	0	0.006725	0.416342	0.173340
analysis98	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna,cnv	100	0.007050	0.406134	0.164945
analysis92	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	intermediate	rna,cnv	100	0.006436	0.400248	0.160198
analysis97	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna,cnv	0	0.008926	0.395463	0.156391
analysis96	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	intermediate	rna,cnv	100	0.007402	0.383298	0.146917
analysis88	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna,cnv	100	0.006138	0.381469	0.145518
analysis95	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	intermediate	rna,cnv	0	0.007165	0.371280	0.137849
analysis100	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	SVM	NaN	early	rna,cnv	0	0.006263	0.349683	0.122278
analysis89	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna,cnv	0	0.007231	0.317834	0.101018
analysis94	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna,cnv	100	0.007157	0.314433	0.098868
analysis93	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna,cnv	0	0.007005	0.308540	0.095197
analysis101	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	XGBoost	NaN	early	rna,cnv	0	0.007600	0.291400	0.084914
analysis87	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna,cnv	0	0.007902	0.270120	0.072965
analysis85	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna,cnv	0	0.008555	0.263150	0.069248
analysis90	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna,cnv	100	0.007086	0.197212	0.038893
analysis86	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna,cnv	100	0.010673	0.152463	0.023245
analysis91	Palbociclib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	intermediate	rna,cnv	0	0.009979	0.141930	0.020144

Selumetinib

prefix	target	batch	event	time	tool	gnn_conv	fusion	data_types	finetuning_samples	mse	pearson_corr	r2
analysis115	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna,cnv	100	0.009157	0.633344	0.401124
analysis117	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	SVM	NaN	early	rna,cnv	0	0.014619	0.608703	0.370519
analysis105	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna,cnv	100	0.009588	0.599875	0.359849
analysis108	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	intermediate	rna,cnv	0	0.011362	0.587402	0.345041
analysis113	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	intermediate	rna,cnv	100	0.010715	0.579157	0.335423
analysis109	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	intermediate	rna,cnv	100	0.010642	0.576719	0.332605
analysis103	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna,cnv	100	0.011492	0.574858	0.330461
analysis104	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna,cnv	0	0.012419	0.567547	0.322110
analysis116	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	RandomForest	NaN	early	rna,cnv	0	0.015576	0.553402	0.306254
analysis110	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna,cnv	0	0.011967	0.546879	0.299077
analysis118	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	XGBoost	NaN	early	rna,cnv	0	0.011545	0.544839	0.296850
analysis114	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna,cnv	0	0.014345	0.539631	0.291201
analysis102	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna,cnv	0	0.011985	0.512143	0.262290
analysis112	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	intermediate	rna,cnv	0	0.012990	0.510180	0.260284
analysis111	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna,cnv	100	0.013894	0.503306	0.253317
analysis106	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna,cnv	0	0.015680	0.474250	0.224913
analysis107	Selumetinib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna,cnv	100	0.013416	0.465344	0.216545

Sorafenib

prefix	target	batch	event	time	tool	gnn_conv	fusion	data_types	finetuning_samples	mse	pearson_corr	r2
analysis134	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	SVM	NaN	early	rna,cnv	0	0.005509	0.479943	0.230346
analysis120	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna,cnv	100	0.005484	0.454923	0.206955
analysis126	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	intermediate	rna,cnv	100	0.005193	0.442407	0.195724
analysis132	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna,cnv	100	0.005237	0.440335	0.193895
analysis121	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna,cnv	0	0.007651	0.426158	0.181611
analysis133	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	RandomForest	NaN	early	rna,cnv	0	0.007317	0.408783	0.167104
analysis123	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna,cnv	0	0.007974	0.401276	0.161023
analysis125	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	intermediate	rna,cnv	0	0.008085	0.374333	0.140125
analysis128	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna,cnv	100	0.005388	0.367726	0.135223
analysis127	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	rna,cnv	0	0.008160	0.357373	0.127716
analysis124	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	rna,cnv	100	0.005962	0.331379	0.109812
analysis119	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	rna,cnv	0	0.008921	0.326444	0.106566
analysis122	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	rna,cnv	100	0.005773	0.318177	0.101236
analysis129	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	intermediate	rna,cnv	0	0.007794	0.310181	0.096212
analysis131	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	rna,cnv	0	0.009031	0.262997	0.069168
analysis130	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	intermediate	rna,cnv	100	0.007194	0.258783	0.066969
analysis135	Sorafenib	NaN	NaN	NaN	XGBoost	NaN	early	rna,cnv	0	0.007373	0.205106	0.042068

lgg_gbm

OS_STATUS

prefix	target	batch	event	time	tool	gnn_conv	fusion	data_types	finetuning_samples	cindex
analysis145	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	DirectPred	NaN	intermediate	mut,cna	100	0.813854
analysis149	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	supervised_vae	NaN	intermediate	mut,cna	100	0.791885
analysis141	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	GNN	GCN	early	mut,cna	100	0.779949
analysis137	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	GNN	GC	early	mut,cna	100	0.778947
analysis144	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	DirectPred	NaN	intermediate	mut,cna	0	0.771481
analysis138	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	GNN	SAGE	early	mut,cna	0	0.765343
analysis140	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	GNN	GCN	early	mut,cna	0	0.763646
analysis150	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	RandomSurvivalForest	NaN	early	mut,cna	0	0.762862
analysis142	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	DirectPred	NaN	early	mut,cna	0	0.754244
analysis136	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	GNN	GC	early	mut,cna	0	0.751632
analysis146	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	supervised_vae	NaN	early	mut,cna	0	0.745756
analysis143	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	DirectPred	NaN	early	mut,cna	100	0.743483
analysis148	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	supervised_vae	NaN	intermediate	mut,cna	0	0.742361
analysis147	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	supervised_vae	NaN	early	mut,cna	100	0.737770
analysis139	NaN	NaN	OS_STATUS	OS_MONTHS	GNN	SAGE	early	mut,cna	100	0.731549

metabric

CHEMOTHERAPY

prefix	target	batch	event	time	tool	gnn_conv	fusion	data_types	finetuning_samples	average_aupr	average_auroc	balanced_acc	f1_score	kappa
analysis164	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	intermediate	gex,cna	100	0.525967	0.791415	0.715027	0.816580	0.446602
analysis155	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	gex,cna	0	0.581731	0.811249	0.708893	0.813623	0.445994
analysis158	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	gex,cna	100	0.535241	0.784800	0.704588	0.809896	0.433758
analysis171	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	XGBoost	NaN	early	gex,cna	0	0.573235	0.832661	0.688769	0.808470	0.421123
analysis159	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	intermediate	gex,cna	0	0.514059	0.772513	0.712814	0.796669	0.418410
analysis162	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	gex,cna	100	0.527438	0.784596	0.704391	0.805521	0.415027
analysis168	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	MultiTripletNetwork	NaN	intermediate	gex,cna	100	0.613029	0.822809	0.681292	0.808752	0.411397
analysis161	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	gex,cna	0	0.512868	0.748955	0.690450	0.801716	0.409127
analysis153	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	gex,cna	0	0.596411	0.810241	0.668085	0.804394	0.397949
analysis169	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	RandomForest	NaN	early	gex,cna	0	0.571931	0.809569	0.656549	0.794926	0.369378
analysis165	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	MultiTripletNetwork	NaN	early	gex,cna	0	0.534124	0.800702	0.653674	0.793896	0.365072
analysis157	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	gex,cna	0	0.512440	0.770609	0.674246	0.780873	0.358807
analysis160	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	intermediate	gex,cna	100	0.527355	0.785469	0.654316	0.791353	0.358100
analysis163	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	intermediate	gex,cna	0	0.537665	0.788754	0.671371	0.780164	0.354988
analysis151	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	gex,cna	0	0.496921	0.781063	0.646692	0.779785	0.331505
analysis154	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	gex,cna	100	0.451010	0.739568	0.645907	0.777548	0.316437
analysis167	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	MultiTripletNetwork	NaN	intermediate	gex,cna	0	0.503052	0.789203	0.629480	0.778446	0.314031
analysis170	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	SVM	NaN	early	gex,cna	0	0.568701	0.799470	0.624888	0.777428	0.308267
analysis152	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	gex,cna	100	0.520542	0.764669	0.605988	0.765093	0.276629
analysis156	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	gex,cna	100	0.518094	0.781796	0.602273	0.758433	0.258921
analysis166	CHEMOTHERAPY	NaN	NaN	NaN	MultiTripletNetwork	NaN	early	gex,cna	100	0.425889	0.748352	0.596851	0.760790	0.240160

CLAUDIN_SUBTYPE

prefix	target	batch	event	time	tool	gnn_conv	fusion	data_types	finetuning_samples	average_aupr	average_auroc	balanced_acc	f1_score	kappa
analysis192	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	XGBoost	NaN	early	gex,cna	0	0.888721	0.968655	0.618180	0.783942	0.729796
analysis181	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	intermediate	gex,cna	100	0.873048	0.963129	0.624931	0.769328	0.704904
analysis191	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	SVM	NaN	early	gex,cna	0	0.842454	0.953961	0.589763	0.749941	0.690122
analysis176	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	gex,cna	0	0.836336	0.949256	0.599239	0.756315	0.688948
analysis190	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	RandomForest	NaN	early	gex,cna	0	0.856859	0.954866	0.571200	0.743683	0.684719
analysis188	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	MultiTripletNetwork	NaN	intermediate	gex,cna	0	0.807024	0.930068	0.583004	0.747430	0.683318
analysis185	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	intermediate	gex,cna	100	0.799393	0.926544	0.603432	0.748925	0.682014
analysis172	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	gex,cna	0	0.834372	0.947941	0.608826	0.747766	0.680328
analysis174	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	gex,cna	0	0.801517	0.936350	0.594326	0.741585	0.669999
analysis180	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	intermediate	gex,cna	0	0.815199	0.934403	0.577029	0.738386	0.669264
analysis182	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	gex,cna	0	0.831154	0.947402	0.588502	0.742165	0.668590
analysis177	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	gex,cna	100	0.830584	0.947825	0.580465	0.741818	0.668339
analysis178	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	gex,cna	0	0.803235	0.932977	0.584291	0.732857	0.661674
analysis184	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	intermediate	gex,cna	0	0.807525	0.930045	0.577865	0.737437	0.661622
analysis183	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	gex,cna	100	0.830080	0.943149	0.584869	0.736730	0.656775
analysis175	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	gex,cna	100	NaN	NaN	0.684793	0.732244	0.655879
analysis173	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	gex,cna	100	0.812513	0.941774	0.591413	0.728696	0.654813
analysis179	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	gex,cna	100	0.800491	0.926856	0.560683	0.729315	0.650007
analysis186	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	MultiTripletNetwork	NaN	early	gex,cna	0	0.785000	0.921452	0.531635	0.697578	0.617337
analysis189	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	MultiTripletNetwork	NaN	intermediate	gex,cna	100	0.784780	0.922928	0.538601	0.696266	0.614138
analysis187	CLAUDIN_SUBTYPE	NaN	NaN	NaN	MultiTripletNetwork	NaN	early	gex,cna	100	0.782602	0.917393	0.530361	0.678114	0.592243

msi_status

msi

prefix	target	batch	event	time	tool	gnn_conv	fusion	data_types	finetuning_samples	average_aupr	average_auroc	balanced_acc	f1_score	kappa
analysis197	msi	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	gex,meth	0	0.995069	0.979378	0.920597	0.957264	0.854261
analysis194	msi	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	intermediate	gex,meth	0	0.994445	0.977096	0.926090	0.954237	0.845712
analysis203	msi	NaN	NaN	NaN	SVM	NaN	early	gex,meth	0	0.990729	0.967461	0.895495	0.952713	0.835737
analysis196	msi	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	intermediate	gex,meth	0	0.994588	0.976758	0.923935	0.950899	0.835095
analysis198	msi	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	gex,meth	0	0.992204	0.971518	0.916286	0.950530	0.832573
analysis199	msi	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	gex,meth	0	0.992702	0.972532	0.900989	0.949732	0.827289
analysis200	msi	NaN	NaN	NaN	MultiTripletNetwork	NaN	early	gex,meth	0	0.993293	0.972448	0.898834	0.946364	0.816401
analysis195	msi	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	early	gex,meth	0	0.993682	0.973546	0.911976	0.943884	0.811538
analysis193	msi	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	early	gex,meth	0	0.995956	0.982843	0.904327	0.943463	0.808654
analysis201	msi	NaN	NaN	NaN	MultiTripletNetwork	NaN	intermediate	gex,meth	0	0.994643	0.979801	0.852941	0.943257	0.797365
analysis204	msi	NaN	NaN	NaN	XGBoost	NaN	early	gex,meth	0	0.992549	0.969743	0.866084	0.940987	0.792807
analysis202	msi	NaN	NaN	NaN	RandomForest	NaN	early	gex,meth	0	0.980802	0.927485	0.760396	0.897574	0.626156

singlecell_bonemarrow

celltype_l1

prefix	target	batch	event	time	tool	gnn_conv	fusion	data_types	finetuning_samples	average_aupr	average_auroc	balanced_acc	f1_score	kappa
analysis220	celltype_l1	NaN	NaN	NaN	XGBoost	NaN	early	RNA	0	0.998059	0.999375	0.977854	0.989729	0.984759
analysis214	celltype_l1	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	RNA	0	0.997565	0.999246	0.976247	0.989318	0.984150
analysis217	celltype_l1	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	intermediate	RNA	0	0.996866	0.998995	0.972198	0.988112	0.982352
analysis213	celltype_l1	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	RNA	0	0.996858	0.998927	0.979297	0.987610	0.981522
analysis216	celltype_l1	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	intermediate	RNA	0	0.997062	0.998975	0.964913	0.986651	0.980210
analysis215	celltype_l1	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	RNA	0	0.997243	0.999282	0.971218	0.984951	0.977606
analysis219	celltype_l1	NaN	NaN	NaN	SVM	NaN	early	RNA	0	0.996661	0.999052	0.971037	0.984996	0.977600
analysis218	celltype_l1	NaN	NaN	NaN	RandomForest	NaN	early	RNA	0	0.996375	0.999054	0.944563	0.975205	0.963692

celltype_l2

prefix	target	batch	event	time	tool	gnn_conv	fusion	data_types	finetuning_samples	average_aupr	average_auroc	balanced_acc	f1_score	kappa
analysis212	celltype_l2	NaN	NaN	NaN	XGBoost	NaN	early	RNA	0	0.840754	0.980021	0.682742	0.787926	0.767572
analysis211	celltype_l2	NaN	NaN	NaN	SVM	NaN	early	RNA	0	0.825159	0.979663	0.641842	0.775705	0.753873
analysis206	celltype_l2	NaN	NaN	NaN	GNN	SAGE	early	RNA	0	0.812553	0.977830	0.625145	0.754196	0.734464
analysis207	celltype_l2	NaN	NaN	NaN	GNN	GCN	early	RNA	0	0.811036	0.977798	0.623524	0.752839	0.732537
analysis205	celltype_l2	NaN	NaN	NaN	GNN	GC	early	RNA	0	0.803453	0.976917	0.643973	0.757133	0.731659
analysis208	celltype_l2	NaN	NaN	NaN	DirectPred	NaN	intermediate	RNA	0	0.803926	0.976118	0.635750	0.751170	0.729446
analysis209	celltype_l2	NaN	NaN	NaN	supervised_vae	NaN	intermediate	RNA	0	0.793753	0.969811	0.622692	0.747502	0.720782
analysis210	celltype_l2	NaN	NaN	NaN	RandomForest	NaN	early	RNA	0	0.808377	0.976546	0.544830	0.715272	0.700790