Collate Results Make Summary Benchmark Figures
Author: Bora Uyar
Date: 2024-07-13
ccle_vs_gdsc
Crizotinib
prefix |
target |
batch |
event |
time |
tool |
gnn_conv |
fusion |
data_types |
finetuning_samples |
mse |
pearson_corr |
r2 |
analysis19 |
Crizotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
intermediate |
rna,cnv |
100 |
0.002603 |
0.323330 |
0.104542 |
analysis31 |
Crizotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
rna |
100 |
0.002848 |
0.320798 |
0.102911 |
analysis39 |
Crizotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
SVM |
NaN |
early |
rna |
0 |
0.007576 |
0.317446 |
0.100772 |
analysis22 |
Crizotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
rna |
0 |
0.002695 |
0.312208 |
0.097474 |
analysis23 |
Crizotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
rna |
100 |
0.002563 |
0.302520 |
0.091518 |
analysis10 |
Crizotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
rna |
0 |
0.002930 |
0.288678 |
0.083335 |
analysis32 |
Crizotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
rna,cnv |
0 |
0.002969 |
0.287557 |
0.082689 |
analysis3 |
Crizotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
cnv |
100 |
0.002653 |
0.283277 |
0.080246 |
analysis4 |
Crizotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
rna |
0 |
0.002935 |
0.262335 |
0.068820 |
analysis28 |
Crizotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
cnv |
0 |
0.003278 |
0.257036 |
0.066067 |
analysis18 |
Crizotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
intermediate |
rna,cnv |
0 |
0.002708 |
0.251051 |
0.063027 |
analysis16 |
Crizotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
rna |
0 |
0.003355 |
0.247859 |
0.061434 |
analysis38 |
Crizotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
SVM |
NaN |
early |
cnv |
0 |
0.005663 |
0.240863 |
0.058015 |
analysis20 |
Crizotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
cnv |
0 |
0.002770 |
0.229181 |
0.052524 |
analysis35 |
Crizotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
RandomForest |
NaN |
early |
cnv |
0 |
0.002860 |
0.228643 |
0.052278 |
analysis37 |
Crizotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
SVM |
NaN |
early |
rna,cnv |
0 |
0.007464 |
0.215514 |
0.046446 |
analysis21 |
Crizotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
cnv |
100 |
0.003068 |
0.211420 |
0.044698 |
analysis27 |
Crizotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
intermediate |
rna,cnv |
100 |
0.002508 |
0.209408 |
0.043852 |
analysis29 |
Crizotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
cnv |
100 |
0.002716 |
0.204387 |
0.041774 |
analysis9 |
Crizotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
cnv |
100 |
0.002425 |
0.199827 |
0.039931 |
analysis6 |
Crizotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
rna,cnv |
0 |
0.002821 |
0.196405 |
0.038575 |
analysis36 |
Crizotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
RandomForest |
NaN |
early |
rna |
0 |
0.003369 |
0.192410 |
0.037022 |
analysis30 |
Crizotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
rna |
0 |
0.004591 |
0.174755 |
0.030539 |
analysis5 |
Crizotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
rna |
100 |
0.002706 |
0.174701 |
0.030520 |
analysis24 |
Crizotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
rna,cnv |
0 |
0.004611 |
0.173362 |
0.030055 |
analysis8 |
Crizotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
cnv |
0 |
0.002765 |
0.172089 |
0.029615 |
analysis34 |
Crizotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
RandomForest |
NaN |
early |
rna,cnv |
0 |
0.003026 |
0.171280 |
0.029337 |
analysis11 |
Crizotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
rna |
100 |
0.003432 |
0.155502 |
0.024181 |
analysis26 |
Crizotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
intermediate |
rna,cnv |
0 |
0.003537 |
0.147770 |
0.021836 |
analysis7 |
Crizotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
rna,cnv |
100 |
0.004539 |
0.127085 |
0.016151 |
analysis17 |
Crizotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
rna |
100 |
0.003217 |
0.121259 |
0.014704 |
analysis14 |
Crizotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
cnv |
0 |
0.002713 |
0.110917 |
0.012303 |
analysis33 |
Crizotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
rna,cnv |
100 |
0.002957 |
0.098824 |
0.009766 |
analysis13 |
Crizotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
rna,cnv |
100 |
0.002939 |
0.088759 |
0.007878 |
analysis15 |
Crizotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
cnv |
100 |
0.002967 |
0.087926 |
0.007731 |
analysis25 |
Crizotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
rna,cnv |
100 |
0.002877 |
0.080533 |
0.006486 |
analysis0 |
Crizotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
rna,cnv |
0 |
0.003274 |
0.041766 |
0.001744 |
analysis12 |
Crizotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
rna,cnv |
0 |
0.002651 |
0.019626 |
0.000385 |
analysis1 |
Crizotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
rna,cnv |
100 |
0.002860 |
0.016122 |
0.000260 |
analysis2 |
Crizotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
cnv |
0 |
0.002848 |
-0.005357 |
0.000029 |
Erlotinib
prefix |
target |
batch |
event |
time |
tool |
gnn_conv |
fusion |
data_types |
finetuning_samples |
mse |
pearson_corr |
r2 |
analysis58 |
Erlotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
intermediate |
rna,cnv |
0 |
0.004345 |
0.422453 |
0.178466 |
analysis62 |
Erlotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
rna |
0 |
0.005404 |
0.404039 |
0.163247 |
analysis50 |
Erlotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
rna |
0 |
0.005903 |
0.393562 |
0.154891 |
analysis71 |
Erlotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
rna |
100 |
0.004219 |
0.377539 |
0.142536 |
analysis74 |
Erlotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
RandomForest |
NaN |
early |
rna,cnv |
0 |
0.003621 |
0.373279 |
0.139337 |
analysis70 |
Erlotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
rna |
0 |
0.005727 |
0.371272 |
0.137843 |
analysis76 |
Erlotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
RandomForest |
NaN |
early |
rna |
0 |
0.003735 |
0.368875 |
0.136069 |
analysis46 |
Erlotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
rna,cnv |
0 |
0.004448 |
0.358153 |
0.128274 |
analysis41 |
Erlotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
rna,cnv |
100 |
0.003984 |
0.351165 |
0.123317 |
analysis72 |
Erlotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
rna,cnv |
0 |
0.004900 |
0.350864 |
0.123106 |
analysis47 |
Erlotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
rna,cnv |
100 |
0.003909 |
0.349196 |
0.121938 |
analysis63 |
Erlotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
rna |
100 |
0.004539 |
0.344885 |
0.118946 |
analysis79 |
Erlotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
SVM |
NaN |
early |
rna |
0 |
0.004325 |
0.343234 |
0.117809 |
analysis44 |
Erlotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
rna |
0 |
0.004948 |
0.341817 |
0.116839 |
analysis59 |
Erlotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
intermediate |
rna,cnv |
100 |
0.003799 |
0.333575 |
0.111272 |
analysis64 |
Erlotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
rna,cnv |
0 |
0.004833 |
0.332690 |
0.110682 |
analysis56 |
Erlotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
rna |
0 |
0.004870 |
0.315599 |
0.099603 |
analysis52 |
Erlotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
rna,cnv |
0 |
0.004383 |
0.313963 |
0.098573 |
analysis73 |
Erlotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
rna,cnv |
100 |
0.004177 |
0.307996 |
0.094861 |
analysis66 |
Erlotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
intermediate |
rna,cnv |
0 |
0.005261 |
0.300345 |
0.090207 |
analysis45 |
Erlotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
rna |
100 |
0.004316 |
0.295044 |
0.087051 |
analysis65 |
Erlotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
rna,cnv |
100 |
0.004562 |
0.271011 |
0.073447 |
analysis51 |
Erlotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
rna |
100 |
0.004728 |
0.259027 |
0.067095 |
analysis53 |
Erlotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
rna,cnv |
100 |
0.004058 |
0.248140 |
0.061573 |
analysis40 |
Erlotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
rna,cnv |
0 |
0.004858 |
0.242808 |
0.058956 |
analysis57 |
Erlotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
rna |
100 |
0.004855 |
0.229045 |
0.052461 |
analysis67 |
Erlotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
intermediate |
rna,cnv |
100 |
0.005241 |
0.224866 |
0.050565 |
analysis77 |
Erlotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
SVM |
NaN |
early |
rna,cnv |
0 |
0.004537 |
0.221988 |
0.049279 |
analysis78 |
Erlotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
SVM |
NaN |
early |
cnv |
0 |
0.005271 |
0.188125 |
0.035391 |
analysis68 |
Erlotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
cnv |
0 |
0.005303 |
0.172958 |
0.029915 |
analysis43 |
Erlotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
cnv |
100 |
0.005178 |
0.153111 |
0.023443 |
analysis55 |
Erlotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
cnv |
100 |
0.005880 |
0.150466 |
0.022640 |
analysis48 |
Erlotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
cnv |
0 |
0.004809 |
0.139440 |
0.019444 |
analysis69 |
Erlotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
cnv |
100 |
0.007361 |
0.136583 |
0.018655 |
analysis60 |
Erlotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
cnv |
0 |
0.005212 |
0.132288 |
0.017500 |
analysis49 |
Erlotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
cnv |
100 |
0.005060 |
0.131175 |
0.017207 |
analysis54 |
Erlotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
cnv |
0 |
0.005846 |
0.099973 |
0.009995 |
analysis61 |
Erlotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
cnv |
100 |
0.004958 |
0.098888 |
0.009779 |
analysis42 |
Erlotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
cnv |
0 |
0.005861 |
0.087533 |
0.007662 |
analysis75 |
Erlotinib |
NaN |
NaN |
NaN |
RandomForest |
NaN |
early |
cnv |
0 |
0.005291 |
0.072834 |
0.005305 |
Irinotecan
prefix |
target |
batch |
event |
time |
tool |
gnn_conv |
fusion |
data_types |
finetuning_samples |
mse |
pearson_corr |
r2 |
analysis119 |
Irinotecan |
NaN |
NaN |
NaN |
SVM |
NaN |
early |
rna |
0 |
0.095182 |
0.580645 |
0.337149 |
analysis91 |
Irinotecan |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
rna |
100 |
0.007665 |
0.569721 |
0.324582 |
analysis87 |
Irinotecan |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
rna,cnv |
100 |
0.008195 |
0.564564 |
0.318733 |
analysis117 |
Irinotecan |
NaN |
NaN |
NaN |
SVM |
NaN |
early |
rna,cnv |
0 |
0.092114 |
0.562946 |
0.316908 |
analysis106 |
Irinotecan |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
intermediate |
rna,cnv |
0 |
0.083888 |
0.561389 |
0.315158 |
analysis107 |
Irinotecan |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
intermediate |
rna,cnv |
100 |
0.008377 |
0.556780 |
0.310004 |
analysis114 |
Irinotecan |
NaN |
NaN |
NaN |
RandomForest |
NaN |
early |
rna,cnv |
0 |
0.092170 |
0.554103 |
0.307031 |
analysis116 |
Irinotecan |
NaN |
NaN |
NaN |
RandomForest |
NaN |
early |
rna |
0 |
0.092484 |
0.553556 |
0.306424 |
analysis81 |
Irinotecan |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
rna,cnv |
100 |
0.007992 |
0.553520 |
0.306385 |
analysis103 |
Irinotecan |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
rna |
100 |
0.008862 |
0.546111 |
0.298237 |
analysis113 |
Irinotecan |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
rna,cnv |
100 |
0.008822 |
0.541655 |
0.293390 |
analysis96 |
Irinotecan |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
rna |
0 |
0.078338 |
0.540579 |
0.292226 |
analysis110 |
Irinotecan |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
rna |
0 |
0.076229 |
0.538438 |
0.289916 |
analysis102 |
Irinotecan |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
rna |
0 |
0.107417 |
0.529055 |
0.279899 |
analysis111 |
Irinotecan |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
rna |
100 |
0.008665 |
0.517072 |
0.267364 |
analysis84 |
Irinotecan |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
rna |
0 |
0.087398 |
0.488147 |
0.238287 |
analysis90 |
Irinotecan |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
rna |
0 |
0.057839 |
0.487940 |
0.238085 |
analysis92 |
Irinotecan |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
rna,cnv |
0 |
0.086745 |
0.486468 |
0.236651 |
analysis86 |
Irinotecan |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
rna,cnv |
0 |
0.086336 |
0.486332 |
0.236519 |
analysis105 |
Irinotecan |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
rna,cnv |
100 |
0.009687 |
0.477566 |
0.228069 |
analysis85 |
Irinotecan |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
rna |
100 |
0.009159 |
0.468226 |
0.219236 |
analysis112 |
Irinotecan |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
rna,cnv |
0 |
0.087796 |
0.462298 |
0.213720 |
analysis97 |
Irinotecan |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
rna |
100 |
0.010848 |
0.457465 |
0.209274 |
analysis93 |
Irinotecan |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
rna,cnv |
100 |
0.009720 |
0.446110 |
0.199014 |
analysis80 |
Irinotecan |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
rna,cnv |
0 |
0.073266 |
0.431608 |
0.186285 |
analysis99 |
Irinotecan |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
intermediate |
rna,cnv |
100 |
0.017994 |
0.408957 |
0.167246 |
analysis98 |
Irinotecan |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
intermediate |
rna,cnv |
0 |
0.077522 |
0.403153 |
0.162532 |
analysis104 |
Irinotecan |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
rna,cnv |
0 |
0.132056 |
0.341778 |
0.116812 |
analysis82 |
Irinotecan |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
cnv |
0 |
0.087651 |
0.197743 |
0.039102 |
analysis95 |
Irinotecan |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
cnv |
100 |
0.014179 |
0.183644 |
0.033725 |
analysis118 |
Irinotecan |
NaN |
NaN |
NaN |
SVM |
NaN |
early |
cnv |
0 |
0.079447 |
0.168766 |
0.028482 |
analysis83 |
Irinotecan |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
cnv |
100 |
0.012207 |
0.166912 |
0.027860 |
analysis115 |
Irinotecan |
NaN |
NaN |
NaN |
RandomForest |
NaN |
early |
cnv |
0 |
0.081075 |
0.161089 |
0.025950 |
analysis109 |
Irinotecan |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
cnv |
100 |
0.014187 |
0.158900 |
0.025249 |
analysis89 |
Irinotecan |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
cnv |
100 |
0.013210 |
0.143028 |
0.020457 |
analysis94 |
Irinotecan |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
cnv |
0 |
0.089986 |
0.119040 |
0.014170 |
analysis100 |
Irinotecan |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
cnv |
0 |
0.085133 |
0.075104 |
0.005641 |
analysis88 |
Irinotecan |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
cnv |
0 |
0.089587 |
0.037753 |
0.001425 |
analysis108 |
Irinotecan |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
cnv |
0 |
0.088552 |
-0.005139 |
0.000026 |
analysis101 |
Irinotecan |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
cnv |
100 |
0.012095 |
-0.012842 |
0.000165 |
Lapatinib
prefix |
target |
batch |
event |
time |
tool |
gnn_conv |
fusion |
data_types |
finetuning_samples |
mse |
pearson_corr |
r2 |
analysis130 |
Lapatinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
rna |
0 |
0.007954 |
0.594879 |
0.353882 |
analysis142 |
Lapatinib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
rna |
0 |
0.009099 |
0.551932 |
0.304629 |
analysis150 |
Lapatinib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
rna |
0 |
0.011286 |
0.549656 |
0.302122 |
analysis138 |
Lapatinib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
intermediate |
rna,cnv |
0 |
0.006911 |
0.547711 |
0.299987 |
analysis143 |
Lapatinib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
rna |
100 |
0.005915 |
0.538518 |
0.290002 |
analysis137 |
Lapatinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
rna |
100 |
0.007426 |
0.527204 |
0.277944 |
analysis120 |
Lapatinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
rna,cnv |
0 |
0.008874 |
0.524836 |
0.275452 |
analysis154 |
Lapatinib |
NaN |
NaN |
NaN |
RandomForest |
NaN |
early |
rna,cnv |
0 |
0.006498 |
0.512464 |
0.262619 |
analysis156 |
Lapatinib |
NaN |
NaN |
NaN |
RandomForest |
NaN |
early |
rna |
0 |
0.007004 |
0.509468 |
0.259558 |
analysis159 |
Lapatinib |
NaN |
NaN |
NaN |
SVM |
NaN |
early |
rna |
0 |
0.007899 |
0.506039 |
0.256076 |
analysis152 |
Lapatinib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
rna,cnv |
0 |
0.007257 |
0.502005 |
0.252009 |
analysis131 |
Lapatinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
rna |
100 |
0.006840 |
0.495166 |
0.245190 |
analysis125 |
Lapatinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
rna |
100 |
0.007126 |
0.494090 |
0.244125 |
analysis139 |
Lapatinib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
intermediate |
rna,cnv |
100 |
0.006904 |
0.493194 |
0.243241 |
analysis153 |
Lapatinib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
rna,cnv |
100 |
0.007042 |
0.470290 |
0.221172 |
analysis124 |
Lapatinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
rna |
0 |
0.008751 |
0.462193 |
0.213623 |
analysis127 |
Lapatinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
rna,cnv |
100 |
0.007211 |
0.458198 |
0.209945 |
analysis144 |
Lapatinib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
rna,cnv |
0 |
0.008172 |
0.458183 |
0.209932 |
analysis151 |
Lapatinib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
rna |
100 |
0.008071 |
0.455002 |
0.207027 |
analysis121 |
Lapatinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
rna,cnv |
100 |
0.007344 |
0.452267 |
0.204545 |
analysis147 |
Lapatinib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
intermediate |
rna,cnv |
100 |
0.010414 |
0.449411 |
0.201971 |
analysis126 |
Lapatinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
rna,cnv |
0 |
0.008117 |
0.429742 |
0.184678 |
analysis146 |
Lapatinib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
intermediate |
rna,cnv |
0 |
0.007772 |
0.421107 |
0.177331 |
analysis132 |
Lapatinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
rna,cnv |
0 |
0.008487 |
0.413783 |
0.171217 |
analysis136 |
Lapatinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
rna |
0 |
0.008718 |
0.409360 |
0.167576 |
analysis157 |
Lapatinib |
NaN |
NaN |
NaN |
SVM |
NaN |
early |
rna,cnv |
0 |
0.006984 |
0.400885 |
0.160709 |
analysis133 |
Lapatinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
rna,cnv |
100 |
0.009738 |
0.380962 |
0.145132 |
analysis145 |
Lapatinib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
rna,cnv |
100 |
0.007759 |
0.342011 |
0.116972 |
analysis149 |
Lapatinib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
cnv |
100 |
0.010308 |
0.215904 |
0.046614 |
analysis155 |
Lapatinib |
NaN |
NaN |
NaN |
RandomForest |
NaN |
early |
cnv |
0 |
0.009208 |
0.171885 |
0.029544 |
analysis140 |
Lapatinib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
cnv |
0 |
0.009839 |
0.138943 |
0.019305 |
analysis158 |
Lapatinib |
NaN |
NaN |
NaN |
SVM |
NaN |
early |
cnv |
0 |
0.008962 |
0.138488 |
0.019179 |
analysis148 |
Lapatinib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
cnv |
0 |
0.011843 |
0.134456 |
0.018078 |
analysis122 |
Lapatinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
cnv |
0 |
0.010947 |
0.129565 |
0.016787 |
analysis128 |
Lapatinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
cnv |
0 |
0.009520 |
0.126516 |
0.016006 |
analysis123 |
Lapatinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
cnv |
100 |
0.009654 |
0.103320 |
0.010675 |
analysis134 |
Lapatinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
cnv |
0 |
0.009575 |
0.102757 |
0.010559 |
analysis141 |
Lapatinib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
cnv |
100 |
0.011005 |
0.083650 |
0.006997 |
analysis135 |
Lapatinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
cnv |
100 |
0.010495 |
0.054598 |
0.002981 |
analysis129 |
Lapatinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
cnv |
100 |
0.009822 |
0.031357 |
0.000983 |
Paclitaxel
prefix |
target |
batch |
event |
time |
tool |
gnn_conv |
fusion |
data_types |
finetuning_samples |
mse |
pearson_corr |
r2 |
analysis199 |
Paclitaxel |
NaN |
NaN |
NaN |
SVM |
NaN |
early |
rna |
0 |
0.395775 |
0.383058 |
0.146733 |
analysis190 |
Paclitaxel |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
rna |
0 |
0.387506 |
0.354127 |
0.125406 |
analysis197 |
Paclitaxel |
NaN |
NaN |
NaN |
SVM |
NaN |
early |
rna,cnv |
0 |
0.441688 |
0.347558 |
0.120797 |
analysis176 |
Paclitaxel |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
rna |
0 |
0.296717 |
0.320671 |
0.102830 |
analysis164 |
Paclitaxel |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
rna |
0 |
0.344112 |
0.319803 |
0.102274 |
analysis192 |
Paclitaxel |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
rna,cnv |
0 |
0.349122 |
0.307542 |
0.094582 |
analysis178 |
Paclitaxel |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
intermediate |
rna,cnv |
0 |
0.473438 |
0.305173 |
0.093130 |
analysis170 |
Paclitaxel |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
rna |
0 |
0.282684 |
0.297703 |
0.088627 |
analysis182 |
Paclitaxel |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
rna |
0 |
0.389546 |
0.297336 |
0.088409 |
analysis194 |
Paclitaxel |
NaN |
NaN |
NaN |
RandomForest |
NaN |
early |
rna,cnv |
0 |
0.381159 |
0.292048 |
0.085292 |
analysis196 |
Paclitaxel |
NaN |
NaN |
NaN |
RandomForest |
NaN |
early |
rna |
0 |
0.392300 |
0.287695 |
0.082768 |
analysis160 |
Paclitaxel |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
rna,cnv |
0 |
0.308970 |
0.279545 |
0.078146 |
analysis167 |
Paclitaxel |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
rna,cnv |
100 |
0.046887 |
0.271543 |
0.073736 |
analysis177 |
Paclitaxel |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
rna |
100 |
0.397159 |
0.270151 |
0.072981 |
analysis165 |
Paclitaxel |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
rna |
100 |
0.334613 |
0.265299 |
0.070384 |
analysis186 |
Paclitaxel |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
intermediate |
rna,cnv |
0 |
0.218549 |
0.260136 |
0.067671 |
analysis184 |
Paclitaxel |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
rna,cnv |
0 |
0.379473 |
0.255259 |
0.065157 |
analysis183 |
Paclitaxel |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
rna |
100 |
0.002901 |
0.227834 |
0.051908 |
analysis173 |
Paclitaxel |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
rna,cnv |
100 |
0.339953 |
0.192652 |
0.037115 |
analysis172 |
Paclitaxel |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
rna,cnv |
0 |
0.428075 |
0.192021 |
0.036872 |
analysis195 |
Paclitaxel |
NaN |
NaN |
NaN |
RandomForest |
NaN |
early |
cnv |
0 |
0.409077 |
0.156817 |
0.024592 |
analysis193 |
Paclitaxel |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
rna,cnv |
100 |
0.002775 |
0.155853 |
0.024290 |
analysis166 |
Paclitaxel |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
rna,cnv |
0 |
0.374652 |
0.155333 |
0.024128 |
analysis161 |
Paclitaxel |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
rna,cnv |
100 |
0.002862 |
0.144629 |
0.020918 |
analysis198 |
Paclitaxel |
NaN |
NaN |
NaN |
SVM |
NaN |
early |
cnv |
0 |
0.427354 |
0.139100 |
0.019349 |
analysis191 |
Paclitaxel |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
rna |
100 |
0.005637 |
0.124103 |
0.015402 |
analysis181 |
Paclitaxel |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
cnv |
100 |
0.362066 |
0.113886 |
0.012970 |
analysis163 |
Paclitaxel |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
cnv |
100 |
0.395676 |
0.108119 |
0.011690 |
analysis185 |
Paclitaxel |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
rna,cnv |
100 |
0.004320 |
0.094716 |
0.008971 |
analysis180 |
Paclitaxel |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
cnv |
0 |
0.350820 |
0.083223 |
0.006926 |
analysis187 |
Paclitaxel |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
intermediate |
rna,cnv |
100 |
0.107423 |
0.076507 |
0.005853 |
analysis169 |
Paclitaxel |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
cnv |
100 |
0.004624 |
0.074942 |
0.005616 |
analysis171 |
Paclitaxel |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
rna |
100 |
0.284341 |
0.074674 |
0.005576 |
analysis162 |
Paclitaxel |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
cnv |
0 |
0.373950 |
0.054177 |
0.002935 |
analysis174 |
Paclitaxel |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
cnv |
0 |
0.388330 |
0.050209 |
0.002521 |
analysis188 |
Paclitaxel |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
cnv |
0 |
0.365732 |
0.042527 |
0.001809 |
analysis168 |
Paclitaxel |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
cnv |
0 |
0.385344 |
0.040594 |
0.001648 |
analysis189 |
Paclitaxel |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
cnv |
100 |
0.003992 |
0.035465 |
0.001258 |
analysis175 |
Paclitaxel |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
cnv |
100 |
0.177931 |
0.032832 |
0.001078 |
analysis179 |
Paclitaxel |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
intermediate |
rna,cnv |
100 |
0.177830 |
-0.036247 |
0.001314 |
Palbociclib
prefix |
target |
batch |
event |
time |
tool |
gnn_conv |
fusion |
data_types |
finetuning_samples |
mse |
pearson_corr |
r2 |
analysis225 |
Palbociclib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
rna,cnv |
100 |
0.005744 |
0.466426 |
0.217553 |
analysis230 |
Palbociclib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
rna |
0 |
0.006257 |
0.451253 |
0.203629 |
analysis222 |
Palbociclib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
rna |
0 |
0.009035 |
0.443978 |
0.197117 |
analysis213 |
Palbociclib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
rna,cnv |
100 |
0.007807 |
0.405417 |
0.164363 |
analysis226 |
Palbociclib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
intermediate |
rna,cnv |
0 |
0.006374 |
0.403000 |
0.162409 |
analysis239 |
Palbociclib |
NaN |
NaN |
NaN |
SVM |
NaN |
early |
rna |
0 |
0.006185 |
0.399949 |
0.159959 |
analysis201 |
Palbociclib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
rna,cnv |
100 |
0.007156 |
0.393469 |
0.154818 |
analysis234 |
Palbociclib |
NaN |
NaN |
NaN |
RandomForest |
NaN |
early |
rna,cnv |
0 |
0.006786 |
0.390952 |
0.152843 |
analysis236 |
Palbociclib |
NaN |
NaN |
NaN |
RandomForest |
NaN |
early |
rna |
0 |
0.006554 |
0.381774 |
0.145752 |
analysis210 |
Palbociclib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
rna |
0 |
0.009537 |
0.377843 |
0.142765 |
analysis227 |
Palbociclib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
intermediate |
rna,cnv |
100 |
0.007480 |
0.375924 |
0.141319 |
analysis231 |
Palbociclib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
rna |
100 |
0.006449 |
0.370954 |
0.137607 |
analysis206 |
Palbociclib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
rna,cnv |
0 |
0.010471 |
0.362736 |
0.131577 |
analysis219 |
Palbociclib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
intermediate |
rna,cnv |
100 |
0.006090 |
0.361729 |
0.130848 |
analysis204 |
Palbociclib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
rna |
0 |
0.007321 |
0.361689 |
0.130819 |
analysis216 |
Palbociclib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
rna |
0 |
0.006810 |
0.358478 |
0.128507 |
analysis237 |
Palbociclib |
NaN |
NaN |
NaN |
SVM |
NaN |
early |
rna,cnv |
0 |
0.006263 |
0.349683 |
0.122278 |
analysis212 |
Palbociclib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
rna,cnv |
0 |
0.006568 |
0.341038 |
0.116307 |
analysis232 |
Palbociclib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
rna,cnv |
0 |
0.009234 |
0.323998 |
0.104975 |
analysis223 |
Palbociclib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
rna |
100 |
0.006671 |
0.319846 |
0.102301 |
analysis218 |
Palbociclib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
intermediate |
rna,cnv |
0 |
0.009985 |
0.306003 |
0.093638 |
analysis211 |
Palbociclib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
rna |
100 |
0.005594 |
0.298998 |
0.089400 |
analysis207 |
Palbociclib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
rna,cnv |
100 |
0.006524 |
0.295455 |
0.087294 |
analysis205 |
Palbociclib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
rna |
100 |
0.007058 |
0.294738 |
0.086871 |
analysis233 |
Palbociclib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
rna,cnv |
100 |
0.007654 |
0.287744 |
0.082796 |
analysis224 |
Palbociclib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
rna,cnv |
0 |
0.007829 |
0.285385 |
0.081444 |
analysis200 |
Palbociclib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
rna,cnv |
0 |
0.008038 |
0.284514 |
0.080948 |
analysis229 |
Palbociclib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
cnv |
100 |
0.009006 |
0.246106 |
0.060568 |
analysis215 |
Palbociclib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
cnv |
100 |
0.007497 |
0.245430 |
0.060236 |
analysis209 |
Palbociclib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
cnv |
100 |
0.009283 |
0.235612 |
0.055513 |
analysis217 |
Palbociclib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
rna |
100 |
0.007527 |
0.220697 |
0.048707 |
analysis235 |
Palbociclib |
NaN |
NaN |
NaN |
RandomForest |
NaN |
early |
cnv |
0 |
0.007955 |
0.203981 |
0.041608 |
analysis203 |
Palbociclib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
cnv |
100 |
0.008339 |
0.198597 |
0.039441 |
analysis221 |
Palbociclib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
cnv |
100 |
0.007299 |
0.198274 |
0.039312 |
analysis202 |
Palbociclib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
cnv |
0 |
0.007944 |
0.193227 |
0.037337 |
analysis214 |
Palbociclib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
cnv |
0 |
0.007902 |
0.175437 |
0.030778 |
analysis228 |
Palbociclib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
cnv |
0 |
0.008787 |
0.157696 |
0.024868 |
analysis220 |
Palbociclib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
cnv |
0 |
0.008191 |
0.118497 |
0.014042 |
analysis208 |
Palbociclib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
cnv |
0 |
0.009604 |
0.117852 |
0.013889 |
analysis238 |
Palbociclib |
NaN |
NaN |
NaN |
SVM |
NaN |
early |
cnv |
0 |
0.007288 |
0.010622 |
0.000113 |
Selumetinib
prefix |
target |
batch |
event |
time |
tool |
gnn_conv |
fusion |
data_types |
finetuning_samples |
mse |
pearson_corr |
r2 |
analysis245 |
Selumetinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
rna |
100 |
0.011440 |
0.644690 |
0.415625 |
analysis263 |
Selumetinib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
rna |
100 |
0.010316 |
0.640624 |
0.410399 |
analysis279 |
Selumetinib |
NaN |
NaN |
NaN |
SVM |
NaN |
early |
rna |
0 |
0.014871 |
0.636525 |
0.405165 |
analysis251 |
Selumetinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
rna |
100 |
0.010519 |
0.626452 |
0.392442 |
analysis259 |
Selumetinib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
intermediate |
rna,cnv |
100 |
0.009849 |
0.619652 |
0.383969 |
analysis257 |
Selumetinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
rna |
100 |
0.009982 |
0.618781 |
0.382890 |
analysis277 |
Selumetinib |
NaN |
NaN |
NaN |
SVM |
NaN |
early |
rna,cnv |
0 |
0.014619 |
0.608703 |
0.370519 |
analysis262 |
Selumetinib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
rna |
0 |
0.011084 |
0.596274 |
0.355543 |
analysis258 |
Selumetinib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
intermediate |
rna,cnv |
0 |
0.012559 |
0.584723 |
0.341901 |
analysis276 |
Selumetinib |
NaN |
NaN |
NaN |
RandomForest |
NaN |
early |
rna |
0 |
0.015822 |
0.583566 |
0.340549 |
analysis266 |
Selumetinib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
intermediate |
rna,cnv |
0 |
0.012211 |
0.578535 |
0.334703 |
analysis241 |
Selumetinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
rna,cnv |
100 |
0.010791 |
0.577305 |
0.333281 |
analysis250 |
Selumetinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
rna |
0 |
0.011576 |
0.567186 |
0.321700 |
analysis274 |
Selumetinib |
NaN |
NaN |
NaN |
RandomForest |
NaN |
early |
rna,cnv |
0 |
0.015861 |
0.566493 |
0.320915 |
analysis270 |
Selumetinib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
rna |
0 |
0.012530 |
0.564908 |
0.319121 |
analysis244 |
Selumetinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
rna |
0 |
0.014008 |
0.563753 |
0.317818 |
analysis256 |
Selumetinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
rna |
0 |
0.012576 |
0.559847 |
0.313429 |
analysis240 |
Selumetinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
rna,cnv |
0 |
0.010675 |
0.557285 |
0.310567 |
analysis271 |
Selumetinib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
rna |
100 |
0.012524 |
0.542917 |
0.294758 |
analysis272 |
Selumetinib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
rna,cnv |
0 |
0.012699 |
0.533961 |
0.285114 |
analysis265 |
Selumetinib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
rna,cnv |
100 |
0.013783 |
0.532281 |
0.283323 |
analysis247 |
Selumetinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
rna,cnv |
100 |
0.011265 |
0.501066 |
0.251067 |
analysis264 |
Selumetinib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
rna,cnv |
0 |
0.012628 |
0.500875 |
0.250876 |
analysis246 |
Selumetinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
rna,cnv |
0 |
0.011992 |
0.491791 |
0.241858 |
analysis253 |
Selumetinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
rna,cnv |
100 |
0.017050 |
0.483021 |
0.233310 |
analysis267 |
Selumetinib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
intermediate |
rna,cnv |
100 |
0.012625 |
0.465080 |
0.216299 |
analysis252 |
Selumetinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
rna,cnv |
0 |
0.017171 |
0.447653 |
0.200393 |
analysis273 |
Selumetinib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
rna,cnv |
100 |
0.013146 |
0.387134 |
0.149873 |
analysis275 |
Selumetinib |
NaN |
NaN |
NaN |
RandomForest |
NaN |
early |
cnv |
0 |
0.021573 |
0.100524 |
0.010105 |
analysis260 |
Selumetinib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
cnv |
0 |
0.024622 |
0.093247 |
0.008695 |
analysis278 |
Selumetinib |
NaN |
NaN |
NaN |
SVM |
NaN |
early |
cnv |
0 |
0.018699 |
0.067431 |
0.004547 |
analysis248 |
Selumetinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
cnv |
0 |
0.027020 |
0.060375 |
0.003645 |
analysis268 |
Selumetinib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
cnv |
0 |
0.029565 |
0.046451 |
0.002158 |
analysis243 |
Selumetinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
cnv |
100 |
0.018900 |
0.043974 |
0.001934 |
analysis254 |
Selumetinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
cnv |
0 |
0.019276 |
0.036743 |
0.001350 |
analysis242 |
Selumetinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
cnv |
0 |
0.023892 |
0.036561 |
0.001337 |
analysis269 |
Selumetinib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
cnv |
100 |
0.024006 |
0.031606 |
0.000999 |
analysis255 |
Selumetinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
cnv |
100 |
0.020788 |
0.021407 |
0.000458 |
analysis261 |
Selumetinib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
cnv |
100 |
0.019780 |
0.021122 |
0.000446 |
analysis249 |
Selumetinib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
cnv |
100 |
0.021223 |
-0.012639 |
0.000160 |
Sorafenib
prefix |
target |
batch |
event |
time |
tool |
gnn_conv |
fusion |
data_types |
finetuning_samples |
mse |
pearson_corr |
r2 |
analysis319 |
Sorafenib |
NaN |
NaN |
NaN |
SVM |
NaN |
early |
rna |
0 |
0.006592 |
0.528442 |
0.279251 |
analysis303 |
Sorafenib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
rna |
100 |
0.006159 |
0.491922 |
0.241987 |
analysis317 |
Sorafenib |
NaN |
NaN |
NaN |
SVM |
NaN |
early |
rna,cnv |
0 |
0.005509 |
0.479943 |
0.230346 |
analysis290 |
Sorafenib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
rna |
0 |
0.008729 |
0.471048 |
0.221886 |
analysis286 |
Sorafenib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
rna,cnv |
0 |
0.007139 |
0.463788 |
0.215099 |
analysis299 |
Sorafenib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
intermediate |
rna,cnv |
100 |
0.005648 |
0.457350 |
0.209169 |
analysis297 |
Sorafenib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
rna |
100 |
0.005630 |
0.449390 |
0.201952 |
analysis293 |
Sorafenib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
rna,cnv |
100 |
0.005198 |
0.438188 |
0.192008 |
analysis285 |
Sorafenib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
rna |
100 |
0.007089 |
0.416406 |
0.173394 |
analysis298 |
Sorafenib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
intermediate |
rna,cnv |
0 |
0.007426 |
0.413838 |
0.171261 |
analysis304 |
Sorafenib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
rna,cnv |
0 |
0.006933 |
0.413018 |
0.170584 |
analysis316 |
Sorafenib |
NaN |
NaN |
NaN |
RandomForest |
NaN |
early |
rna |
0 |
0.008285 |
0.407351 |
0.165935 |
analysis313 |
Sorafenib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
rna,cnv |
100 |
0.005798 |
0.395681 |
0.156564 |
analysis284 |
Sorafenib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
rna |
0 |
0.010238 |
0.381715 |
0.145707 |
analysis314 |
Sorafenib |
NaN |
NaN |
NaN |
RandomForest |
NaN |
early |
rna,cnv |
0 |
0.006594 |
0.371096 |
0.137712 |
analysis280 |
Sorafenib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
rna,cnv |
0 |
0.007556 |
0.365065 |
0.133273 |
analysis292 |
Sorafenib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
rna,cnv |
0 |
0.009877 |
0.364931 |
0.133175 |
analysis281 |
Sorafenib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
rna,cnv |
100 |
0.004723 |
0.360483 |
0.129948 |
analysis305 |
Sorafenib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
rna,cnv |
100 |
0.005513 |
0.355593 |
0.126446 |
analysis287 |
Sorafenib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
rna,cnv |
100 |
0.006215 |
0.344931 |
0.118977 |
analysis307 |
Sorafenib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
intermediate |
rna,cnv |
100 |
0.005790 |
0.336474 |
0.113215 |
analysis306 |
Sorafenib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
intermediate |
rna,cnv |
0 |
0.007060 |
0.315034 |
0.099247 |
analysis302 |
Sorafenib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
rna |
0 |
0.008984 |
0.300333 |
0.090200 |
analysis296 |
Sorafenib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
rna |
0 |
0.011754 |
0.293638 |
0.086223 |
analysis311 |
Sorafenib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
rna |
100 |
0.007343 |
0.288235 |
0.083079 |
analysis291 |
Sorafenib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
rna |
100 |
0.006755 |
0.279095 |
0.077894 |
analysis283 |
Sorafenib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
cnv |
100 |
0.007559 |
0.170090 |
0.028931 |
analysis310 |
Sorafenib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
rna |
0 |
0.011260 |
0.168232 |
0.028302 |
analysis300 |
Sorafenib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
cnv |
0 |
0.010079 |
0.166540 |
0.027736 |
analysis312 |
Sorafenib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
rna,cnv |
0 |
0.007964 |
0.162019 |
0.026250 |
analysis301 |
Sorafenib |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
cnv |
100 |
0.007261 |
0.124772 |
0.015568 |
analysis295 |
Sorafenib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
cnv |
100 |
0.007579 |
0.115463 |
0.013332 |
analysis309 |
Sorafenib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
cnv |
100 |
0.008687 |
0.113646 |
0.012915 |
analysis282 |
Sorafenib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
cnv |
0 |
0.010413 |
0.109176 |
0.011919 |
analysis318 |
Sorafenib |
NaN |
NaN |
NaN |
SVM |
NaN |
early |
cnv |
0 |
0.007540 |
0.051291 |
0.002631 |
analysis294 |
Sorafenib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
cnv |
0 |
0.011218 |
0.050608 |
0.002561 |
analysis289 |
Sorafenib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
cnv |
100 |
0.008668 |
0.032474 |
0.001055 |
analysis288 |
Sorafenib |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
cnv |
0 |
0.011693 |
0.028637 |
0.000820 |
analysis315 |
Sorafenib |
NaN |
NaN |
NaN |
RandomForest |
NaN |
early |
cnv |
0 |
0.010606 |
0.015219 |
0.000232 |
analysis308 |
Sorafenib |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
cnv |
0 |
0.012040 |
-0.027133 |
0.000736 |
lgg_gbm
OS_STATUS
prefix |
target |
batch |
event |
time |
tool |
gnn_conv |
fusion |
data_types |
finetuning_samples |
cindex |
analysis331 |
NaN |
NaN |
OS_STATUS |
OS_MONTHS |
GNN |
SAGE |
early |
cna |
100 |
0.822679 |
analysis345 |
NaN |
NaN |
OS_STATUS |
OS_MONTHS |
DirectPred |
NaN |
intermediate |
mut,cna |
100 |
0.786856 |
analysis330 |
NaN |
NaN |
OS_STATUS |
OS_MONTHS |
GNN |
SAGE |
early |
cna |
0 |
0.782541 |
analysis350 |
NaN |
NaN |
OS_STATUS |
OS_MONTHS |
supervised_vae |
NaN |
early |
cna |
0 |
0.781505 |
analysis324 |
NaN |
NaN |
OS_STATUS |
OS_MONTHS |
GNN |
GC |
early |
cna |
0 |
0.776842 |
analysis343 |
NaN |
NaN |
OS_STATUS |
OS_MONTHS |
DirectPred |
NaN |
early |
cna |
100 |
0.776280 |
analysis336 |
NaN |
NaN |
OS_STATUS |
OS_MONTHS |
GNN |
GCN |
early |
cna |
0 |
0.774641 |
analysis325 |
NaN |
NaN |
OS_STATUS |
OS_MONTHS |
GNN |
GC |
early |
cna |
100 |
0.773777 |
analysis342 |
NaN |
NaN |
OS_STATUS |
OS_MONTHS |
DirectPred |
NaN |
early |
cna |
0 |
0.767388 |
analysis332 |
NaN |
NaN |
OS_STATUS |
OS_MONTHS |
GNN |
GCN |
early |
mut,cna |
0 |
0.762079 |
analysis338 |
NaN |
NaN |
OS_STATUS |
OS_MONTHS |
DirectPred |
NaN |
early |
mut,cna |
0 |
0.761426 |
analysis356 |
NaN |
NaN |
OS_STATUS |
OS_MONTHS |
RandomSurvivalForest |
NaN |
early |
cna |
0 |
0.760523 |
analysis337 |
NaN |
NaN |
OS_STATUS |
OS_MONTHS |
GNN |
GCN |
early |
cna |
100 |
0.755424 |
analysis333 |
NaN |
NaN |
OS_STATUS |
OS_MONTHS |
GNN |
GCN |
early |
mut,cna |
100 |
0.754505 |
analysis327 |
NaN |
NaN |
OS_STATUS |
OS_MONTHS |
GNN |
SAGE |
early |
mut,cna |
100 |
0.753339 |
analysis351 |
NaN |
NaN |
OS_STATUS |
OS_MONTHS |
supervised_vae |
NaN |
early |
cna |
100 |
0.753185 |
analysis354 |
NaN |
NaN |
OS_STATUS |
OS_MONTHS |
RandomSurvivalForest |
NaN |
early |
mut,cna |
0 |
0.748368 |
analysis355 |
NaN |
NaN |
OS_STATUS |
OS_MONTHS |
RandomSurvivalForest |
NaN |
early |
mut |
0 |
0.737660 |
analysis352 |
NaN |
NaN |
OS_STATUS |
OS_MONTHS |
supervised_vae |
NaN |
intermediate |
mut,cna |
0 |
0.737268 |
analysis329 |
NaN |
NaN |
OS_STATUS |
OS_MONTHS |
GNN |
SAGE |
early |
mut |
100 |
0.733910 |
analysis339 |
NaN |
NaN |
OS_STATUS |
OS_MONTHS |
DirectPred |
NaN |
early |
mut,cna |
100 |
0.732966 |
analysis322 |
NaN |
NaN |
OS_STATUS |
OS_MONTHS |
GNN |
GC |
early |
mut |
0 |
0.723622 |
analysis320 |
NaN |
NaN |
OS_STATUS |
OS_MONTHS |
GNN |
GC |
early |
mut,cna |
0 |
0.721468 |
analysis353 |
NaN |
NaN |
OS_STATUS |
OS_MONTHS |
supervised_vae |
NaN |
intermediate |
mut,cna |
100 |
0.720446 |
analysis344 |
NaN |
NaN |
OS_STATUS |
OS_MONTHS |
DirectPred |
NaN |
intermediate |
mut,cna |
0 |
0.720031 |
analysis334 |
NaN |
NaN |
OS_STATUS |
OS_MONTHS |
GNN |
GCN |
early |
mut |
0 |
0.717159 |
analysis321 |
NaN |
NaN |
OS_STATUS |
OS_MONTHS |
GNN |
GC |
early |
mut,cna |
100 |
0.713781 |
analysis347 |
NaN |
NaN |
OS_STATUS |
OS_MONTHS |
supervised_vae |
NaN |
early |
mut,cna |
100 |
0.713325 |
analysis349 |
NaN |
NaN |
OS_STATUS |
OS_MONTHS |
supervised_vae |
NaN |
early |
mut |
100 |
0.709960 |
analysis326 |
NaN |
NaN |
OS_STATUS |
OS_MONTHS |
GNN |
SAGE |
early |
mut,cna |
0 |
0.707234 |
analysis323 |
NaN |
NaN |
OS_STATUS |
OS_MONTHS |
GNN |
GC |
early |
mut |
100 |
0.687132 |
analysis346 |
NaN |
NaN |
OS_STATUS |
OS_MONTHS |
supervised_vae |
NaN |
early |
mut,cna |
0 |
0.673413 |
analysis328 |
NaN |
NaN |
OS_STATUS |
OS_MONTHS |
GNN |
SAGE |
early |
mut |
0 |
0.660486 |
analysis341 |
NaN |
NaN |
OS_STATUS |
OS_MONTHS |
DirectPred |
NaN |
early |
mut |
100 |
0.659727 |
analysis340 |
NaN |
NaN |
OS_STATUS |
OS_MONTHS |
DirectPred |
NaN |
early |
mut |
0 |
0.616610 |
analysis348 |
NaN |
NaN |
OS_STATUS |
OS_MONTHS |
supervised_vae |
NaN |
early |
mut |
0 |
0.591147 |
analysis335 |
NaN |
NaN |
OS_STATUS |
OS_MONTHS |
GNN |
GCN |
early |
mut |
100 |
0.590280 |
singlecell_bonemarrow
celltype_l1
prefix |
target |
batch |
event |
time |
tool |
gnn_conv |
fusion |
data_types |
finetuning_samples |
balanced_acc |
f1_score |
kappa |
analysis473 |
celltype_l1 |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
RNA |
0 |
0.974101 |
0.978820 |
0.981467 |
analysis469 |
celltype_l1 |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
RNA |
0 |
0.969103 |
0.977919 |
0.981139 |
analysis475 |
celltype_l1 |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
RNA |
0 |
0.969688 |
0.977853 |
0.980542 |
analysis476 |
celltype_l1 |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
RNA |
100 |
0.968758 |
0.975051 |
0.978681 |
analysis468 |
celltype_l1 |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
RNA |
100 |
0.965814 |
0.974754 |
0.977702 |
analysis477 |
celltype_l1 |
NaN |
NaN |
NaN |
MultiTripletNetwork |
NaN |
early |
RNA |
0 |
0.961782 |
0.974517 |
0.976898 |
analysis480 |
celltype_l1 |
NaN |
NaN |
NaN |
SVM |
NaN |
early |
RNA |
0 |
0.969836 |
0.972636 |
0.976696 |
analysis472 |
celltype_l1 |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
RNA |
100 |
0.963920 |
0.973239 |
0.976498 |
analysis471 |
celltype_l1 |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
RNA |
0 |
0.963842 |
0.973254 |
0.976340 |
analysis467 |
celltype_l1 |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
RNA |
0 |
0.962150 |
0.971247 |
0.973634 |
analysis478 |
celltype_l1 |
NaN |
NaN |
NaN |
MultiTripletNetwork |
NaN |
early |
RNA |
100 |
0.962400 |
0.970573 |
0.972762 |
analysis474 |
celltype_l1 |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
RNA |
100 |
0.957610 |
0.970712 |
0.971837 |
analysis470 |
celltype_l1 |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
RNA |
100 |
0.951816 |
0.965887 |
0.970925 |
analysis479 |
celltype_l1 |
NaN |
NaN |
NaN |
RandomForest |
NaN |
early |
RNA |
0 |
0.942096 |
0.956594 |
0.962769 |
celltype_l2
prefix |
target |
batch |
event |
time |
tool |
gnn_conv |
fusion |
data_types |
finetuning_samples |
balanced_acc |
f1_score |
kappa |
analysis466 |
celltype_l2 |
NaN |
NaN |
NaN |
SVM |
NaN |
early |
RNA |
0 |
0.602192 |
0.628343 |
0.743501 |
analysis457 |
celltype_l2 |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
RNA |
0 |
0.646503 |
0.658266 |
0.738229 |
analysis455 |
celltype_l2 |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
RNA |
0 |
0.631027 |
0.652776 |
0.733365 |
analysis456 |
celltype_l2 |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
SAGE |
early |
RNA |
100 |
0.633778 |
0.654665 |
0.732613 |
analysis463 |
celltype_l2 |
NaN |
NaN |
NaN |
MultiTripletNetwork |
NaN |
early |
RNA |
0 |
0.619030 |
0.650409 |
0.731889 |
analysis459 |
celltype_l2 |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
RNA |
0 |
0.639099 |
0.646186 |
0.729803 |
analysis453 |
celltype_l2 |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
RNA |
0 |
0.621065 |
0.645594 |
0.721689 |
analysis460 |
celltype_l2 |
NaN |
NaN |
NaN |
DirectPred |
NaN |
early |
RNA |
100 |
0.631107 |
0.644318 |
0.721494 |
analysis454 |
celltype_l2 |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GC |
early |
RNA |
100 |
0.607495 |
0.626794 |
0.717498 |
analysis461 |
celltype_l2 |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
RNA |
0 |
0.557028 |
0.582589 |
0.707838 |
analysis465 |
celltype_l2 |
NaN |
NaN |
NaN |
RandomForest |
NaN |
early |
RNA |
0 |
0.550749 |
0.581940 |
0.701782 |
analysis462 |
celltype_l2 |
NaN |
NaN |
NaN |
supervised_vae |
NaN |
early |
RNA |
100 |
0.569926 |
0.598384 |
0.701169 |
analysis458 |
celltype_l2 |
NaN |
NaN |
NaN |
GNN |
GCN |
early |
RNA |
100 |
0.586581 |
0.600431 |
0.665695 |